2023年2月10日

摘要: 对于变异检测,通常每个样本都可以检测出许多变异,比如一个正常的全外可以检测 4w+ 个小变异(snv + indel), 而通常样本量多时,就有必要将所有检出的变异收集起来,用于后续的数据挖掘、变异查询工作。 阅读全文
posted @ 2023-02-10 13:56 magower 阅读(305) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年11月29日

摘要: redis 是一个 Key-Value 数据库,Value 支持 string(字符串),list(列表),set(集合),zset(有序集合),hash(哈希类型)等类型。是一个 CPU 上缓存数据库,用于高效率的访问和更新数据,现常用于视频点赞等,短时访问量可能非常高,数据更新速度非常快的暂存数据库。 阅读全文
posted @ 2022-11-29 23:03 magower 阅读(53) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年11月20日

摘要: 本篇补充 DNA germline 变异可信度证据项及其收集的代码,用于替代重复性且聒噪的 igv 人工审核,帮助临床变异分析人员提高效率,增加结果准确性评估,并排除人为主观因素造成的结论差异。 阅读全文
posted @ 2022-11-20 12:33 magower 阅读(106) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年11月10日

摘要: 重新写一套新的代码,一些基本框架都比较类似,如加载模块、构建函数、参数读取、创建日志甚至是一些好用的自建装饰器,不想每次创建新脚本时都重新写一遍,或者找其他文件复制粘贴再删除不需要的代码块时,那么自建所需的代码块(snippet)就很好的解决这个问题。 阅读全文
posted @ 2022-11-10 22:39 magower 阅读(215) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年11月9日

摘要: 【思路】根据变异的一些证据项,自动评定变异的可信程度,从而减少人工开启 igv 之类的核查时间,也可防止人主观性评定或者偶然的思维漏洞等问题。(人没有机器可靠!) 阅读全文
posted @ 2022-11-09 11:43 magower 阅读(160) 评论(0) 推荐(0) 编辑