随笔分类 - Python
一些新奇的包和有效的代码。
DNA突变合并
摘要：前言 工作中一直接触 DNA 突变，突变检出软件众多，包括 GATK、pisces、vardict、strelka 等，但经常会出现两个、甚至多个突变需要合并起来综合判断其功能等影响的情况；因此，希望能有一个便捷的工具对突变进行合并，而不需要人工从 igv 上进行去判读。 实现逻辑 将需要合并的突变
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DNA 突变可信度评估升级（支持捕获、扩增子、UMI三种类型 ）
摘要：2022-11-20 12:09:06 星期日 目的 原先写过 DNA germline 变异可信度判定 (证据项收集） 和 DNA germline 变异可信度判定 ，基于 pysam 对 bam 文件的解析，从突变相关的 reads 收集一些统计指标，再根据各指标人工划分阈值进行评分的增减，从最
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python 字典优雅的使用
摘要：简化 python 中原生字典数据的调用，同时增加代码的可读性
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redis 及其在 python 内的使用
摘要：redis 是一个 Key-Value 数据库，Value 支持 string(字符串)，list(列表)，set(集合)，zset(有序集合)，hash(哈希类型)等类型。是一个 CPU 上缓存数据库，用于高效率的访问和更新数据，现常用于视频点赞等，短时访问量可能非常高，数据更新速度非常快的暂存数据库。
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DNA germline 变异可信度判定 (证据项收集）
摘要：本篇补充 DNA germline 变异可信度证据项及其收集的代码，用于替代重复性且聒噪的 igv 人工审核，帮助临床变异分析人员提高效率，增加结果准确性评估，并排除人为主观因素造成的结论差异。
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DNA germline 变异可信度判定
摘要：【思路】根据变异的一些证据项，自动评定变异的可信程度，从而减少人工开启 igv 之类的核查时间，也可防止人主观性评定或者偶然的思维漏洞等问题。（人没有机器可靠！）
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python class 属性的<陷阱>
摘要：
class 属性写法一 class B(object): b = [] def add(self, i): self.b.append(i) class 属性写法二 class B(object): def __init__(self): self.b = [] def add(self, i):
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class 属性写法一 class B(object): b = [] def add(self, i): self.b.append(i) class 属性写法二 class B(object): def __init__(self): self.b = [] def add(self, i):
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python 代码测试（pytest）
摘要：代码测试优势一： 编写测试函数，更规范，高效的核对代码运行结果，当被测试对象进行了调整和重构的时候，可以节省大量人工排查问题的时间。优势二：编写测试代码可以对代码功能更具底气，可以拥有适合的测试覆盖度，避免隐藏的问题代码。
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办公自动化 - PyAutoGUI
摘要：PyAutoGUI 用于控制鼠标和键盘以自动与其他应用程序交互。支持 Windows、macOS 和 Linux，并在 Python 2 和 3 上运行。
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Python 操作 sam/bam/cram/fasta/fsastq/bcf/vcf 文件
摘要：Pysam 是一个用于读取、操作和编写基因组数据集的 python 模块。它是 htslib C-API 的轻量级包装器，提供读取和写入 SAM / BAM / VCF / BCF / BED / GFF / GTF / FASTA / FASTQ 文件以及访问 samtools 和 bcftools 包的命令行功能的工具.
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Python 常量数据组定义（enum 枚举类）
摘要：`enum` 是 python 3.4 版本新加的特性，用于定义一些不常修改的数据组。枚举本身是一组符号名称（枚举成员）的集合，枚举成员应该是唯一的、不可变的。在枚举中，可以对成员进行恒等比较，并且枚举本身是可迭代的。
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