lammps总结（7.27-7.30）

1.MS建模的缺陷：

MS用AC建好对应尺寸盒子的模型之后，如果自己擅自改变尺寸的大小，会有如下后果：比如盒子中是水分子，自己改变盒子的尺寸 会导致水分子的键长发生变化。 此为MS建模的一个缺陷，但是模拟结果来说 键长好像影响不大（有待继续深入验证）。

 

2.新的建模方式：

ms+packmol+VMD   主要思路：ms输出对应的PDB文件， packmol进行模型的搭建， VMD进行模型的调整以及data文件的输出。

 

MS建模的优点：可视化效果较好，容易上手，不需要太多的命令。缺点：复杂模型的建立 以及键长的控制等

packmol+VMD建模的优点：可以自己设置液膜厚度（能保证键长变化不大），模型更加多样化，适合复杂模型的建模。 缺点：需要用到tcl命令，对新手不友好。键长 键角 电荷等信息需要自己输入命令设置。

 

3.模拟沸腾时，底板温度的设置和

lammps中用region 设置group 然后 再用compute id temp/region 统计温度。会有如下的问题：如果温度过高，原子发生运动，进入或离开region 对温度的统计会有影响

 

4.lammps的单位

metal  中时间的单位是 ps