packmol建模

 

转自：https://www.cnblogs.com/sysu/p/10712294.html

一、建模流程（modelling procedure）：

1.美国数据库下载amc、cif文件：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php

2.导入vesta转成pdb1文件

3.再将pdb1文件放到vmd转成pdb2文件

（1）测模型中心点的坐标，

命令： set sel [atomselect top all]

measure center $sel

中心点：1.5594003200531006 4.472419738769531 6.06.083080291748047

（2）測量周期最大最小边界
set everyone [atomselect top all]
measure minmax $everyone

（3）get the scale of our box（盒子尺寸）：

 

measure minmax $sel

 

X：-2.062 to 5.181 y：0 to 8.945 z：0 to 12.166

4.将pdb2文件和所需建模文件（如：water文件）， 一并放到有packmol.exe的文件夹里

5.写好inp文件

6.打开cmd，输入计算命令packmol.exe<xx.inp，即可得到所需模型的pdb3文件。

* packmol建模流程的操作视频链接：

链接：https://pan.baidu.com/s/1rq3js1cvbMHBWWJXhu6-hA
提取码：xu08
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二、Modify the charge of atom

 # modify charge：

set 0 [atomselect top "name O"]

$0 set charge -1.0500

set 1 [atomselect top "name Al"]

$1 set charge 1.700

set 2 [atomselect top "name Si"]

$2 set charge 2.2700

set 3 [atomselect top "name Ca"]

$3 set charge 1.48

 

set sel [atomselect top all]

$sel writepsf m1.psf

$sel writepdb m1.pdb

mol load psf m1.psf pdb m1.pdb

topo writelammpsdata m1.data

 

三、VMD用到几条重要命令

1.# get the scale of our box：

measure minmax $sel

2.测模型中心点的坐标，命令：

set sel [atomselect top all]

measure center $sel

3.

#1.将模型各原子赋予电荷，用vmd命令——source charge.tcl

#lammps计算时肯定会显示电荷不呈中性，所以data中电荷还需要修改，平衡电荷后还能成为最终的data：

#法一：excel：excel---数据----导入外部数据-----导入数据-------选择文本文件1.txT--------选中固定宽度后点击下一步------下一步------完成-------选择表中存放位置

#4.上一步中的data 还需要把盒子参数写进去，source charge.tcl中最后一个命令已算出

四、计算命令：

计算命令：

lmp-mpi < mmt.in >mmt.out &

lmp_mkl < mmt.in >mmt.out

& 查看计算状态：

“top” 进入后台

“q” 退出来

“Ctrl+ C” 停止计算（前台）

“kill+编号” 停止计算（后台）