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摘要： 1，使用内建函数open打开文件： 方法一： f = open('path', 'r'/'w') for line in f: ..... f.close() 方法二： with open('path','r'/'w') as f: ..... 2. 对于可读文件，常用的方法是read、 seek、 阅读全文

摘要： 层次聚类分为：凝聚法和分裂法。 凝聚法： 假设有N个待聚类的样本，对于层次聚类来说，基本步骤就是： 1、（初始化）把每个样本归为一类，计算每两个类之间的距离，也就是样本与样本之间的相似度（杰卡德距离）； 2、寻找各个类之间最近的两个类，把他们归为一类（这样类的总数就少了一个）； 3、重新计算新生成的 阅读全文

摘要： ICA 属于一种盲源分离。 盲信号分离研究的信号模型主要有线性混合模型和卷积混合模型，盲源分离源信号线性混合是比较简单的一种混合形式，典型的BSS/ICA问题就是源于对独立源信号的线性混合过程的研究。 盲源分离 可以用来降噪。 阅读全文

摘要： 伯努利实验： 如果无穷随机变量序列 是独立同分布(i．i．d．)的，而且每个随机变量 都服从参数为p的伯努利分布，那么随机变量 就形成参数为p的一系列伯努利试验。同样，如果n个随机变量 独立同分布，并且都服从参数为p的伯努利分布，则随机变量 形成参数为p的n重伯努利试验。 伯努利试验是只有两种可能结 阅读全文

摘要： 1，F1=2*(准确率*召回率)/(准确率+召回率) F1的值是精准率与召回率的调和平均数。F1的取值范围从0到1的数量越大，表明实现越理想。 Precision（精准率）=TP/(TP+FP) Recall（召回率）= TP/(TP+FN) 2，均方误差（MSE，Mean Square error 阅读全文

摘要： 文章题目：Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue 特点： 可以检测配对样本，也可以检测带reference的tumor样本。但是没有考虑肿瘤异质性问题。使用DNAco 阅读全文

摘要： 如何划窗统计测序数据的reads数（depth）：https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374 方法1，用samtools depth。但是这个方法仅仅局限于对单个位点进行depth进行统计 samtools depth - 阅读全文

摘要： NCBI上有一个综合各类人类数据库的网页：Human Genome Resources at NCBI： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/ 各大浏览器资源： 一、临床或者变异数据资源 ClinVar & Variation Resour 阅读全文

摘要： 1，Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam，包含头文件 3,sam 转化成bam，如果SAM文件中有header @SQ lines。 4,sort bam 5, 标记重复 6, index 一下 7,Base Quality Score Recalibration 8, 使用GATK检测S 阅读全文

摘要： GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言，内置的支持并行，适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步：第一步编辑参数列表对应的json文件，第二步直接运行Cromwell.jar eg 对于一个WDL脚本，有5个核心结构： 1，workflow 2, task：代 阅读全文