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摘要： 在perl中，调用系统命令有两种形势，`cmd` 和system"cmd"，他们主要的区别是`cmd`会获取返回结果，而system"cmd"会直接将结果输出到屏幕上，针对这个区别有以下两种用法：1，当需要获取运行结果的时候，如获取当前目录，就应该写成 chomp($pwd = `pwd`);如果写成 $pwd = system"pwd"，则$pwd值为0。（这里用到chomp说明`cmd`的结果... 阅读全文

摘要： 1 由于在新版本中GCC把C99中的标准库分成了libc和libm两个部分，libm中包含一些数学库等，如果要用到libm时，必须加上-lm选项在解压Configure之后，再在Makefile中，LDFLAGS 和 CLDFLAGS两个参数后面加上 -lm即可解决问题2 参考：http://s... 阅读全文

摘要： gene structure prediction methods基因预测的方法有很多。维基百科：http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_gene_prediction_software；http://www.geneprediction.org上提供了大量的基因预... 阅读全文

摘要： 1 boost介绍Boost库是一个可移植、提供源代码的C++库，作为标准库的后备，是C++标准化进程的开发引擎之一。Boost库由C++标准委员会库工作组成员发起，其中有些内容有望成为下一代C++标准库内容。在C++社区中影响甚大，是不折不扣的“准”标准库。Boost由于其对跨平台的强调，对标准C... 阅读全文

摘要： 嵌合体序列指在pcr过程中，两条不同的序列产生杂交扩增的序列，属于人工污染，在ITS和16S分析中，应该首先去除，USearch提供去除嵌合体的功能usearch-uchime_ref reads.fna -db reference.fna -strand plus-nonchimerasnonch... 阅读全文

摘要： 1 barplot(data$v2,names.arg=data$v1),names太多会导致显示不全，可以加上las=2，使names旋转90度显示2 names太长，显示不全，利用par(mar=c(a,b,c,d))改变左图边界宽度，abcd依次是下，左，上，右边界3 高丰度的数量级太大... 阅读全文

摘要： shannon菌群多样性指数H=－∑（Pi）（㏑Pi）Pi=样品中属于第i种的个体的比例，如样品总个体数为N，第i种个体数为ni，则Pi=ni/N；各种之间，个体分配越均匀，H值就越大。如果每一个体都属于不同的种，多样性指数就最大；如果每一个体都属于同一种，则其多样性指数就最小Dominance：随... 阅读全文

摘要： 1 QC：逐条过滤，内存不大，如果是压缩文件取决于缓冲大小，一般设置1G；2 SOAPAligner：比对需要读入reference，取决于reference大小，比较大的如人类hg19和细菌，设置15G左右；3 SOAP denovo：组装软件，取决于数据量，大约设置为数据量的10倍，一般高... 阅读全文

摘要： 在对之前的ITS数据(454数据)做split时，发现有一些reads没有被匹配上，但是barcode能够完全匹配，虽然之后的primer在中间漏了一个碱基，导致后面的碱基全部误匹配，从而导致这条reads没有被匹配上的问题。终于解决Qiime的问题后，使用split_libraries.py 做切... 阅读全文

摘要： 由于Qiime出了点问题，ITS项目先缓几天，这两天先忙着做meta的内容。物种丰度计算准备工作：1 使用SOAPAligner对过滤好的数据进行比对，得到相应的.soap文件，里面记录匹配到的reads的情况；2 还需要将所有用到的reference做一个TAX，tax文件记录referenc... 阅读全文