rpy2安装使用中的问题

rpy2是python中的R语言接口模块，今天捣鼓了一个下午，终于把rpy2搞定，记录一下安装过程中需要注意的问题：

 

1. R编译的过程中，必须选择--enable-R-shlib 选项，将R编译成lib模式，在此模式下，会生成path-to-R/lib/libR.so库；

    同时，确保同目录下libRblas.so、libRlapack.so两个链接库也被正确生成，这两个库默认会生成，如果没有，需要添加参数：--enable-BLAS-shlib  --with-blas   --with-lapack

    如果不编译生成libR.so，rpy2就无法正确编译

2. R安装完成之后，如果安装到个人路径下，需要添加四个环境变量到配置文件中：

    export R_HOME=path-to-R

    export R_LIBS=$R_HOME/lib64/R/library

    export LD_LIBRARY_PATH=$R_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

    export PATH=$R_HOME/bin:$PATH

    其中比较容易漏掉的是PATH和LD_LIBRARY_PATH，如果是用root安装，可能会没有问题，如果安装到个人目录下，不添加这两个变量的话，就无法正确寻找需要的动态链接库；

    R_LIBS的作用是rpy2中调用安装的R包时，根据该变量寻找对应的包；

3. python编译安装之前，必须要先安装sqlite-devel，否则会报找不到_sqlite模块的错误信息，

    如果是已经安装好的python，则需要安装sqlite-devel库之后，重新安装python；

 

    确保以上三点没有问题之后，rpy2安装就比较简单了，直接使用

    pip install rpy2

    即可

 

检查rpy2是否正确安装：

>>> import rpy2.robjects as rb

>>> rb.r("library('ade4')")

<StrVector - Python:0x7fccfd2a2248 / R:0x2e44108>
[str, str, str, ..., str, str, str]

确保没有警告信息以及错误信息，rpy2就成功安装，并且可以正确调用已安装的R包了