08 2022 档案
摘要：blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列，比如使用引物作为query序列。这种时候使用一般的比对参数，比对不出结果的。这时候在比对时，加入以下参数就行： #参考 #参考别人的文章 一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-sh
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摘要：装饰器实质就是一种特殊的函数。要了解装饰器，首先要了解闭包。 #_author: Administrator #_date: 2020/5/25 #闭包 就是满足下面两个条件（条件一、二）的一个函数 def outer(): x = 10 def inner(): #条件一 inner()就是内部函
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摘要：一般的内置函数还是要熟悉。学习内置函数就是记住内置函数的用法，为我们使用的时候提供便利。 #唯一方法就是都是用，多记忆 #filter() ==> map() #内置函数学习，就是记住常用函数的用法而已 #filter ==》 map str=["a","b","c","d"] def fil(s)
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摘要：前面函数其实已经讲完了，这里的递归函数，以及后面的迭代器、装饰器都仅仅是特殊函数而已 #_author: Administrator #_date: 2020/5/19 #前面其实函数已经讲解完了，这里的高阶函数以及后面讲的迭代器、装饰器都仅仅是函数的特殊应用而已 #看个例子，计算阶乘 #如: 5！
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摘要：对于python来说，函数的作用域是比较重要的，所以要好好理解 # _author: Administrator # _date: 2022/8/9 #函数的作用域是非常重要的 if True: x=3 print(x) #这个是没有问题的，而下面函数就有问题 def f(): a=10 print
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摘要：函数的returen我也会 #_author: Administrator #_date: 2020/5/14 def f(): print("ok") #上面函数是不会报错的，但其实所有函数都是有一个return的。所以上面函数自己没有写return，其实是默认返回了一个None,打印一下函数就可
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摘要：首先理解清楚，基因发生了正选择，并不表示该基因就是发生了趋同进化（适应趋同）。那么什么才是发生了适应趋同呢？一般定义为满足两个条件：1、处于正选择；2、现生物种氨基酸位点同祖先相比存在改变（而且最好是正选择位点同改变位点时同一位点）。 现生物种氨基酸位点同祖先相比存在变化可分为两种情况： 1、所研究
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摘要：自己整理，测试完全可用。从直接下载数据到一般的出图 #!/usr/bin/bash #ly_20211215_atac-seq pepiline #从下载数据到分析出图的一般流程 ###################################### start_time=$(date +%s
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摘要：oma查找同源基因【最终需要从HOGFasta文件夹中提取文件】 #同源基因的另一种查找方法oma (https://omabrowser.org/standalone)##################################################### wget -O oma
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摘要：bypy-命令行下使用百度网盘【参考】 很多时候，我们实验数据很多，尝尝会存储于百度网盘或百度云等空间较大的存储设备【这样的存储空间，我们一般硬盘也只能存储1~2T而已】，所以第三方存储还是非常方便的。但是将数据这样储存后，要进行大数据交互就很麻烦，比如我要将网盘的数据传到Linux，就会先从网盘将
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摘要：将文件夹下的满足条件的文件拷贝到指定文件夹中 #!/usr/bin/python #ly-2021/10/08 #version_01 #Goals: 将文件夹下满足条件的文件拷贝到制定文件夹中 ################################ import os from os i
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摘要：前面已经探究了KEGG富集分析的做法，但是存在一些问题。现在进行一些尝试： 尝试1：直接用斑马鱼的基因组为背景进行富集分析：【做KEGG富集分析，必须要：KEGG，NCBI和UniProt的基因编码形式，如果不是，就需要转换】 但是我的基因最先是NCBI蛋白序列的基因编码，因此要先找到蛋白编码与NC
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摘要：目的：有两个序列文件，我们要把名字相同的序列首尾拼接起来 # ly-2021-08-29 version-01 # Usage: python infile1 infile2 > outfile # 每条序列必须处于同一行 a = [] b = [] with open("1.txt", "r+")
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