blast的短序列比对

blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列，比如使用引物作为query序列。这种时候使用一般的比对参数，比对不出结果的。这时候在比对时，加入以下参数就行：

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一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。

针对这种短序列query，这三个选项是比较重要的
-task：设置比对模式，通常情况会有一个默认task，这里要设置为blastn-short
-word_size：尽可能小，这里设为7
-evalue：类似于p值的一个指标，越小说明越可靠

evalue这个值跟平时一般序列比对时设置的完全不一样，以往我设置的是1e-5，这回我设的100和1。

当设置为blastn-short时，就默认了word_size为7，所以此时可以不加word_size。那设置了word_size为7后，可以不加task吗？可以的，但是得到的结果有些区别：它得到的纪录数更多，但也有更多记录出现了错配（我的测试中37%出现了错配），而加了task之后，错配数只占7%，这也进一步说明了blastn-short模式会限制错配数出现，对于短序列比对是可以理解的。

我分别做了三次尝试：

  

可以看到在一定范围内（100-1），降低evalue会缩小结果范围，留下最可靠的记录。改用blastn-short比对模式，基本不允许错配，会更适合短序列比对。

最后我按照相似度100%，比对长度为查询序列原长提取三个结果文件中最准确的记录，发现居然是一模一样的（哪条短序列比对到ref的哪一个位置完全相同）！！！

仔细一想，这也好理解，完美匹配的那一些记录在不同的e值，不一样严格程度的比对下，始终是完美匹配的。

 

当然，我们也可以考虑其他比对方法，如BWA，bowtie等工具

 

blast问题：为什么blast比对的时候query文件和库文件对调，比对会出现不同的结果？？

例子：有小伙伴想将引物序列primer，比对到测序的reads上。发下当将primer作为query时，比对出的结果就很少，而将primer做库时，就能够比对出很多结果。这有点奇怪。至于具体原因，还有待探索，知道的大佬可以交流。