[JupyterLab集成 R 环境]-解决 x11 服务连接失败问题

JupyterLab 集成 R 语言

    JupyterLab作为一个交互式的Python开发环境，同时具备强大的可扩展能力，支持包括 Java、R 等其他语言进行交互式开发的能力，确实称的上是一代神器。
    最近因为公司业务需要，所以花了几天时间调研了一下关于 JupyterLab 中集成 R 内核的方案，中间碰到了一个比较恶心的问题，就是在 centos 服务器上无图形化界面时 X11 服务连接不上的问题。

查询了许多的相关资料，只能说网上相关的文档写的都挺乱的，所以才写了这篇文章，希望能给各位有需要的朋友一些帮助。
我用的服务器是 Centos7，直接安装的 Anaconda 环境，安装 R 环境之前需要做的前缀操作就是要配置对应的 Anaconda 环境变量，然后按照如下步骤走安装即可。

安装 R 语言环境

   #### 安装对应 Linux 依赖

yum install -y gcc
yum install -y gcc-gfortran
yum install -y gcc-c++
yum install -y glibc-headers
yum install -y libreadline6-dev gfortran 
yum install -y readline-devel
yum install -y wget libXt-devel
yum install -y fonts-chinese tcl tcl-devel tclx tk tk-devel
yum install -y mesa-libGLU mesa-libGLU-devel
yum install -y bzip2-devel 
yum install -y xz-devel.x86_64 
yum install -y pcre-devel
yum install -y libcurl
yum install -y libcurl-devel
yum install -y texinfo.x86_64
yum install -y texlive-pdftex-doc.noarch
yum install -y texlive
yum install -y xorg-x11-server-Xvfb
yum install -y xorg-x11-fonts-75dpi
yum install -y xorg-x11-fonts-100dpi
yum install -y libXtst-devel
yum install -y libssh2-devel
yum install -y libgit2-devel
yum install -y mysql-devel
yum install -y xz-devel
yum install -y xml2
yum install -y libxml2-devel
yum install -y git
yum install -y xorg-x11-fonts-*.noarch
yum install -y cairo* libxt*
yum install -y cairo-devel.i686

下载二进制源码包

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.3.tar.gz

解压编译安装

# 解压到指定目录，自行指定目录
tar -zxf R-3.6.3.tar.gz -C /opt/R-src/R-3.6.3
# 解压完成后切到对应的源码目录下
cd /opt/R-src
# 编译生成 Makefile 文件
./configure --enable-R-shlib --with-tcltk --with-x --with-libpng --with-jpeglib --with-libtiff  --with-pic --prefix=/opt/R
# 编译安装
make && make install
# 配置环境变量
vi /etc/profile
export R_HOME=/opt/R
export PATH=$PATH:$R_HOME/bin
source /etc/profile

安装 R 依赖及解决环境问题

安装 R 依赖和内核

# 命令行输入 R 进入 R 终端界面
R 
# 安装 R 依赖
install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest','png','jpeg'))
# 在上述安装过程中，如果出现 xml2 之类的依赖找不到的情况下，且上述 yum 安装的依赖确认已经按照，则 echo $PATH，看环境变量中是否存在 anaconda 的配置，先临时去掉anaconda 的环境变量，等 R 依赖安装完成后再恢复
# 安装 R 内核
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
# 生成 R 内核信息，括号内 user = FALSE 表示不限定用户，默认可不带
IRkernel::installspec(user = FALSE)

解决无图形化界面Centos 服务器 X11 服务连接不上问题

# 启动一个虚拟屏幕进程
/usr/bin/Xvfb -ac :99 -screen 0 1024x768x16 &
# 设置环境变量
vi /etc/profile
export DISPLAY=:99
source /etc/profile

再次进入 R 环境，输入capabilities()确认 X11 为 TRUE

capabilities()

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