centos6.4 下安装numpy、scipy、matplotlib

2014-08-23 14:27 luxr123 阅读(3639) 评论(0) 编辑收藏举报

各个安装包版本：

scipy-0.11.0

numpy-1.6.2

nose-1.2.1

lapack-3.4.2

##atlas-3.10.0 (http://pkgs.fedoraproject.org/repo/pkgs/atlas/)

依赖关系：scipy的安装需要依赖于numpy、lapack、atlas（后两者都是线性代数工具包，不清楚的自行google之。。。），而numpy和sci的测试程序的运行又依赖于nose，因此，整个安装过程必须要按顺序执行的，否则是无法执行下去的。

sudo yum -y install gcc gcc-c++ numpy python-devel scipy

sudo pip install nose

sudo pip install numpy

主要是在安装scipy时问题多多:

1. Blas(http://www.netlib.org /blas/) libraries not found.

Directories to search for the libraries can be specified in the

numpy/distutils/site.cfg file (section [blas])or by setting

the BLAS environment variable.

找不到blas

解决: yum install blas-devel

竟然不出现BLAS的错误了

出现了LAPACK的错误

解决: yum install lapack-devel

然后, cd scipy-0.13.3 && sudo python setup.py install

顺利编译了

之后也顺利安装了

看网上说安装numpy前要安装gcc-gfortran、blas-devel、lapack-devel

没有遇到gcc-gfortran的错误，可能是之前机器上装了吧

最后是 matplotlib安装....

所需依赖numpy, libpng 1.2 (or later), `freetype` 1.4 (or later), `dateutil` 1.1 or later, `pyparsing`

sudo -E /usr/local/bin/pip3 install python-dateutil
sudo -E /usr/local/bin/pip3 install pyparsing

wget http://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-2.5.3.tar.gz

wget https://downloads.sourceforge.net/project/matplotlib/matplotlib/matplotlib-1.3.1/matplotlib-1.3.1.tar.gz

libpng-1.2.51.tar.gz

按照附带的安装文件说明安装即可.

编译安装是没什么问题

可是问题在安装后，import也没问题

可是就是show（）方法图像出不来

一直没反应

一直对着setup.py目录下的INSTALL文件的require那一段检查软件的版本

都没问题

网上也说matplotlib的会自动检查后端环境

CentOS下也已经有了Tkinter

后来用

yum install *-tk* 将两个以-tk结尾的软件装上

yum install *gtk2-* 将几个已gtk2开头的软件全装上

重新编译安装一次matplotlib

show（）就可以出现图像来了

可能那几个软件只要装某个就可以了，多装了一些

不过总算是把numpy、scipy和matplotlib都搞好了

附带:

Linux 安装 cblas, lapack, lapacke:

1.确保机器上安装了gfortran编译器，如果没有安装的话，可以使用sudo apt-get install gfortran

2.下载blas, cblas, lapack 源代码，这些源码都可以在 http://www.netlib.org 上找到，下载并解压。这里提供我安装时的下载链接 http://www.netlib.org/blas/blas.tgz http://www.netlib.org/blas/blast-forum/cblas.tgz http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.4.2.tgz，解压之后会有三个文件夹, BLAS, CBLAS, lapack-3.4.2

3.这里就是具体的编译步骤

1）编译blas，进入BLAS文件夹，执行以下几条命令

gfortran -c -O3 *.f # 编译所有的 .f 文件，生成 .o文件

ar rv libblas.a *.o # 链接所有的 .o文件，生成 .a 文件

su cp libblas.a /usr/local/lib # 将库文件复制到系统库目录

2）编译cblas，进入CBLAS文件夹，首先根据你自己的计算机平台，将目录下某个 Makefile.XXX 复制为 Makefile.in , XXX表示计算机的平台，如果是Linux，那么就将Makefile.LINUX 复制为 Makefile.in，然后执行以下命令

cp ../BLAS/libblas.a testing # 将上一步编译成功的 libblas.a 复制到 CBLAS目录下的testing子目录

make # 编译所有的目录

sudo cp lib/cblas_LINUX.a /usr/local/lib/libcblas.a # 将库文件复制到系统库目录下

3）编译 lapack以及lapacke，这一步比较麻烦，首先当然是进入lapack-3.4.2文件夹，然后根据平台的特点，将INSTALL目录下对应的make.inc.XXX 复制一份到 lapack-3.4.2目录下，并命名为make.inc, 这里我复制的是 INSTALL/make.inc.gfortran，因为我这里用的是gfortran编译器。

修改lapack-3.4.2/Makefile, 因为lapack以来于blas库，所以需要做如下修改

#lib: lapacklib tmglib

lib: blaslib variants lapacklig tmglib

然后执行以下命令：

make # 编译所有的lapack文件

cd lapacke # 进入lapacke 文件夹，这个文件夹包含lapack的C语言接口文件

make # 编译lapacke

cp include/*.h /usr/local/include #将lapacke的头文件复制到系统头文件目录

cd .. #返回到 lapack-3.4.2 目录

cp *.a /usr/local/lib # 将生成的所有库文件复制到系统库目录

这里的头文件包括： lapacke.h, lapacke_config.h, lapacke_mangling.h, lapacke_mangling_with_flags.h lapacke_utils.h

生成的库文件包括：liblapack.a, liblapacke.a, librefblas.a, libtmglib.a

至此cblas和lapack就成功安装到你的电脑上了。

测试：

可以到 http://www.netlib.org/lapack/lapacke.html 找测试代码，这里lapacke的官方文档，比如如下代码：

#include <stdio.h>

#include <lapacke.h>

int main (int argc, const char * argv[])

{

double a[5*3] = {1,2,3,4,5,1,3,5,2,4,1,4,2,5,3};

double b[5*2] = {-10,12,14,16,18,-3,14,12,16,16};

lapack_int info,m,n,lda,ldb,nrhs;

int i,j;

m = 5;

n = 3;

nrhs = 2;

lda = 5;

ldb = 5;

info = LAPACKE_dgels(LAPACK_COL_MAJOR,'N',m,n,nrhs,a,lda,b,ldb);

for(i=0;i<n;i++)

{

for(j=0;j<nrhs;j++)

{

printf("%lf ",b[i+ldb*j]);

}

printf("\n");

}

return(info);

}

将上诉代码保存为test.c，编译时，别忘了使用gfortran，此外，还需要连接用到的库，编译上面的代码，应使用如下命令:

1	`gfortran` `test.c -llapacke -llapack -lrefblas`

如果能正常编译，即表示安装成功。如果要了解这段代码的具体含义，可以到 http://www.netlib.org/lapack/lapacke.html 查看

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