mongodb下载以及连接

1.下载mongodb安装包,官网下载速度比较慢，百度云安装包链接：http://pan.baidu.com/s/1geVQ8Xt 密码：8o5i

2.python 安装pymongo     我是在python的scripts目录下  pip install pymongo

3.安装mongodb，我是装在了E盘。E:\MongoDb\下创建log文件夹，创建mongodb.log  ,E:\MongoDb\下创建dada文件夹，创建db文件夹。log，data与bin位于同一位置

在bin目录下输入命令  

注意要用管理员方式启动命令行

这样在服务里面就有MongoDB的服务了

E:\MongoDB\bin>mongod --logpath "E:\MongoDb\log\mongodb.log" --logappend --dbpath "E:\MongoDb\data\db" --directoryperdb --serviceName "MongoDB" --serviceDisplayName "MongoDB" --install

4.启动mongodb服务

net start MongoDB

 

或者每次手动开启数据库，开启后，方可往数据库里加东西。

3bin 目录下 mongod.exe --config E:\MongoDB\mongo.config，不用关闭

4，另开一个bin目录下mongo 

use ad 使用ad数据库

ad.xml.find()  显示ad数据库里xml表的内容

http://blog.csdn.net/wyc_cs/article/details/51025785

 

5python操作mongodb数据库

https://www.oschina.net/code/snippet_1382328_37407

from pymongo import MongoClient

# create link
client = MongoClient('localhost', 27017)
#link to mongodb
db = client['ad']   #or db = client.ad
collection = db['xml']   #create cousin

#insert to mongodb,data must be dict or json
data = {
            'pmc_id': pmc_id,
            'xml': handle.read()
        }
collection.insert_one(data)

#search in the mongodb 
for item in collection.find():
    print item

 

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pmc&rettype=xml&id=3956752

biopython的一篇文章的获取，格式比较规范，方便从中提取信息。