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介绍 AlphaFlod2作为最近在生物领域非常的火的AI，给生物医药领域带来了划时代的影响，许多研究者都开始尝试使用AlphaFold2介入各自的工作。 但是由于AlphaFold2涉及到了很多模块和细节，在我安装过很多次之后(踩过很多坑之后)，希望通过这篇文章让大家能够无痛的安装和使用Alpha 阅读全文
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#引言 由于图数据结构问题，直接使用Tensorflow的一些层是无法直接处理图数据的，需要借用TF-GNN框架下的MapFeatures对图数据中的节点特征或是边特征进行变换。 题外话(MapFeatures使用) 节点特征变换 from tensorflow.keras.layers impor 阅读全文
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引言 在进行深度学习实验的时候，可能经常会发现，虽然输入的数据都是一样的，但是输出的结果总是会有不同的波动，这主要是由于在神经网络中，很多网络层参数的初始化会涉及到随机，这个就会导致最终的结果会有一些差距，因此如果我们想要固定某一个结果，并复现这个结果，我们就需要提前设置固定的随机种子 设置 一般来 阅读全文
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(目录) 引言 在《统计学习方法》一书中，详细说明了期望风险最小化与后验概率最大化之间的关系，但是其中的公式推导过程有所省略，这篇文章作为补充说明。 证明 首先我们假设损失函数为0-1损失函数 $$ Loss=L(Y， f(X))= \begin{cases} 1，\quad Y \neq f(X) 阅读全文
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引言 在写程序时，我们无法避免需要运行外部程序，相较于功能比较简单的os.system()，更加倾向于使用subprocess模块来执行外部程序。 模块介绍 subprocess.run() 使用subprocess.run()执行命令的时候，父进程会一直等待直到子进程结束后才会继续运行父进程 su 阅读全文
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引言 Batch size问题 在Tensorflow-GNN中使用batch size除了需要注意上面的链接问题之外，最近我在调试的发现，使用了merge_batch_to_components() 之后，使用TF-GNN的Readout模块，它会默认merge之后的graph为一张图读出所有节点 阅读全文
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引言 最近在尝试构建GraphTensor时，尝试把默认的特征名hidden_state改成其他时，出现了奇怪的报错。 报错 WARNING:tensorflow:Gradients do not exist for variables ['gnn/essay_model/graph_update/ 阅读全文
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引言 Batch size作为一个在训练中经常被使用的参数，在图神经网络的训练中也是必不可少，但是在TF-GNN中要求使用 merge_batch_to_components() 把batch之后的图合并成一张图。表现如下图： 通过上图可以看出，在merge之后的图中的点序号被重新按照顺序编号，同时 阅读全文
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引言 TensorFlow提供了多种API，使得入门者和专家可以根据自己的需求选择不同的API搭建模型。 基于Keras Sequential API搭建模型 Sequential适用于线性堆叠的方式搭建模型，即每层只有一个输入和输出。 import tensorflow as tf # 导入手写数 阅读全文