08 2017 档案

RNA-seq数据分析注意事项
摘要：参考网站： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484588&idx=1&sn=c5f223baf14d5fba303e8d92ee6e441d&chksm=9b484417ac3fcd010e9f8756dd6bbd3 阅读全文
posted @ 2017-08-30 16:42 遗世独立的愚公 阅读(350) 评论(0) 推荐(0)
RNASeq中常见的分析流程
摘要：参考网址 ： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484318&idx=1&sn=bb7fc36c73120945d7493e679744c0d6&chksm=9b484325ac3fca332cb38e31051e7d 阅读全文
posted @ 2017-08-30 15:44 遗世独立的愚公 阅读(836) 评论(0) 推荐(0)
WGS/WES/RNAseq/CHIP-seq之间的差别
摘要：参考网址：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484311&idx=1&sn=7845d8341562531e968598da685b38a4&chksm=9b48432cac3fca3aed2d57cc12d94eb5 阅读全文
posted @ 2017-08-30 14:42 遗世独立的愚公 阅读(949) 评论(0) 推荐(0)
conda中关于channels的处理问题
摘要：参考网址：http://blog.csdn.net/mtj66/article/details/57074986 【感谢原作者】 阅读全文
posted @ 2017-08-30 10:32 遗世独立的愚公 阅读(1774) 评论(0) 推荐(0)
Linux下搜索文件命令whereis/which/find/locate
摘要：1.whereis whereis who whereis 只能搜索二进制文件(-b)，man 帮助文件(-m)和源代码文件(-s) 2.locate 所以有时候你刚添加的文件，它可能会找不到，需要手动执行一次 updatedb 命令 （在我们的环境中必须先执行一次该命令）。它可以用来查找指定目录下 阅读全文
posted @ 2017-08-30 08:53 遗世独立的愚公 阅读(762) 评论(0) 推荐(0)
环境变量的修改简介
摘要：1.暂时性的修改方法，只在当前shell终端有效 $ PATH=$PATH:/home/lmt/desktop/biosoft/bwa 2.永久有效的方法；修改配置文件 在每个用户的 home 目录中有一个 Shell 每次启动时会默认执行一个配置脚本， 以初始化环境，包括添加一些用户自定义环境变量 阅读全文
posted @ 2017-08-30 08:06 遗世独立的愚公 阅读(232) 评论(0) 推荐(0)
Linux下创建shell、C小程序介绍
摘要：1.创建一个shell脚本文件 gedit hello_shell.sh ##创建文件 2.###在文件内添加一下内容 #!/bin/bash for ((i=0;i<10;i++));do echo "hello shell" done exit 0 3.为文件添加可执行权限 chmod 755 阅读全文
posted @ 2017-08-30 07:47 遗世独立的愚公 阅读(3046) 评论(0) 推荐(0)
Linux下查看文件cat/tac/nl/more/less/tail/head
摘要：1.cat 为正序显示，tac为倒序显示 2.cat -n 参数，可以显示行号 3.nl添加行号并打印，这是个比cat -n 更加专业的行号打印命令。 4.less 和more，具体用法参看手册 5.head和tail ，用于查看文件的前面或后面指定的行数 用法：head/tail -n 100 6 阅读全文
posted @ 2017-08-29 21:16 遗世独立的愚公 阅读(168) 评论(0) 推荐(0)
bioconda的使用
摘要：参考网址： https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567 阅读全文
posted @ 2017-08-29 20:14 遗世独立的愚公 阅读(250) 评论(0) 推荐(0)
Linux下批量重命名的方法
摘要：rename 1.不过它要用 perl 正则表达式来作为参数， 2.举例如下： touch test{1..5}.txt ##使用通配符创建5个文件 rename 's/\.txt/\.doc/' *.txt ##将后缀为TXT的文件重命名为doc文件 rename 'y/a-z/A-Z/' *.d 阅读全文
posted @ 2017-08-29 20:08 遗世独立的愚公 阅读(947) 评论(0) 推荐(0)
samtools的用法简介
摘要：1.SAM（sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式，当然他可以用于存放未比对的数据 2.AMTools的主要功能如下： view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分比对 sort: 比对排序 merge: 聚合多个排序比对 阅读全文
posted @ 2017-08-29 09:57 遗世独立的愚公 阅读(5654) 评论(0) 推荐(0)
可视化软件IGV的使用
摘要：1.参考网址： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484744&idx=1&sn=2dbe0ea619d4e1595fc4b37fa09a1563&chksm=9b4845f3ac3fcce5a62fd7a505763 阅读全文
posted @ 2017-08-29 08:40 遗世独立的愚公 阅读(1487) 评论(0) 推荐(0)
常用数据库介绍
摘要：1.下载参考基因组的三大网站： NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc） UCSC (http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html) Ensemble （http://asia.ensembl.org/index.h 阅读全文
posted @ 2017-08-29 07:43 遗世独立的愚公 阅读(503) 评论(0) 推荐(0)
linux常见的命令说明
摘要：1.软链接--相当于Windows上的快捷方式 阅读全文
posted @ 2017-08-28 21:41 遗世独立的愚公 阅读(119) 评论(0) 推荐(0)
增加/删除新用户并添加root权限
摘要：1.Linux系统创建的普通用户中，只有第一个用户具有root权限， 随后新建的用户均没有root权限。 2.创建一个新用户lilei：sudo adduser lilei 3.ls /home可以发现我们已经建好了一个新用户 4.切换登录用户：su -l lilei 5.退出当前用户：exit 或 阅读全文
posted @ 2017-08-28 21:30 遗世独立的愚公 阅读(550) 评论(0) 推荐(0)
LINUX学习之路-1
摘要：学习网站--Linux基础入门（新版）：https://www.shiyanlou.com/courses/running 阅读全文
posted @ 2017-08-28 20:47 遗世独立的愚公 阅读(117) 评论(0) 推荐(0)
了解参考基因组及注释信息
摘要：参考网址：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483738&idx=1&sn=bd57965cf960293837671b315b35c4d4&scene=19#wechat_redirect 参考网址： https:/ 阅读全文
posted @ 2017-08-28 16:16 遗世独立的愚公 阅读(227) 评论(0) 推荐(0)
RNA-seq操作实战
摘要：1.参考流程：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1MjU5MjMzNA==&mid=2247484466&idx=1&sn=24b0bbb405afd1b5deec696811c116ef&chksm=e9e02d93de97a4859122c4cff5d3b3 阅读全文
posted @ 2017-08-28 14:57 遗世独立的愚公 阅读(900) 评论(0) 推荐(0)
如何利用数据库下载参考基因组
摘要：参考网址： http://www.bio-info-trainee.com/1469.html http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/ig 阅读全文
posted @ 2017-08-28 12:44 遗世独立的愚公 阅读(383) 评论(0) 推荐(0)
RNA-Seq比对软件HISAT2的用法
摘要：参考网址：http://blog.sciencenet.cn/blog-759995-990471.html 【感谢原作者】 阅读全文
posted @ 2017-08-28 10:55 遗世独立的愚公 阅读(2903) 评论(0) 推荐(0)
小白-批量下载SRR数据
摘要：1.新建文件，命令为prefetch_bash.sh (感觉命名简单粗暴啊) vi prefetch_bash.sh 2.在新建的文件下添加一下内容 #!/bin/bash for id in $(seq 1 5) #记住该语法 do prefetch SRR35899${id} done 3.给文 阅读全文
posted @ 2017-08-28 10:24 遗世独立的愚公 阅读(2825) 评论(0) 推荐(0)
sratoolkit 的使用
摘要：一.主要功能有两个： 1.下载分析所需的测序数据SRR 2.将sra后缀的文件格式转换为fastq文件 二：具体用法如下： 1.下载数据： prefetch SRR3589950 2.文件格式转化： fastq-dump --gzip --split-3 -O /home/lmt/biosoft - 阅读全文
posted @ 2017-08-28 10:07 遗世独立的愚公 阅读(801) 评论(0) 推荐(0)
批量查看QC结果的工具----multiqc
摘要：参考网址：http://fbb84b26.wiz03.com/share/s/3XK4IC0cm4CL22pU-r1HPcQQ1iRTvV2GwkwL2AaxYi2fXHP7 建议用coda安装 习惯用法： multiqc -p --export *fastqc.zip 阅读全文
posted @ 2017-08-28 09:51 遗世独立的愚公 阅读(1405) 评论(0) 推荐(0)
fastQC 质控结果解读
摘要：参考网址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723 阅读全文
posted @ 2017-08-28 09:46 遗世独立的愚公 阅读(1042) 评论(0) 推荐(0)
RNA-seq学习操作流程
摘要：参考网址：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1750（感谢原作者） 阅读全文
posted @ 2017-08-28 09:38 遗世独立的愚公 阅读(330) 评论(0) 推荐(0)
常见的生物信息学格式介绍
摘要：参考网址：http://ju.outofmemory.cn/entry/193943 （感谢原作者） 阅读全文
posted @ 2017-08-28 09:35 遗世独立的愚公 阅读(236) 评论(0) 推荐(0)