解决方法一：如果遇到WebDeployment Project发布,生成的dll还是跟之前的一样多,而且出现"aspnet_merge.exe"已退出，代码为 1的错误，是因为你的代码里有中文导致的，看来是WebDeployment，ILMerge本身有一定的bug，笔者猜想可能是编码问题造成的，WebDeployment，ILMerge都是英文版的，也许是在计算字符串长度时由于汉子和英文字母不同，而造成的错误吧，这只是我的猜想，大家仅作参考。
解决方法二：实际上在我们的一个实际ASP.NET 2.0的解决方案中来应用这种方式出现了问题，下面我就讲一下我的解决过程希望对大家有所帮助。
我们的解决方案包括22个项目（主要是类库），其中的一个WEB项目是负责用户UI的，传统的生成或是发布网站的方式没有任何问题，当使用Web Deployment Projects工具生成唯一程序集时出现了错误信息“Aspnet_merge.exe Exited with Code 1”（Aspnet_merge.exe 退出，错误代码1），这样的信息根本无法让我们办断到底是哪里出了问题。好，下面依次打开VS 2005的工具－选项－项目和解决方案－生成并运行，设置“MSBuild 项目生成输出详细信息”，选择“详细”。再次生成Web Deployment Projects项目，注意“输出”框内的信息现在变得非常丰富了，最后导致无法编译的问题终于出来了“An error occurred when merging assemblies: ILMerge.Merge: ERROR!!: Duplicate type ‘_Default’ found in assembly 'App_Web_k5hhsnh0'”，它的意思是说在程序集中发现了相同的类型_Default，经过我检查确实在我们的WEB项目中存在了两个_Default类（在不同的目录中或者是ascx和aspx的同名文件），这样的问题通过一般的生成完成和发布网站肯定都是检测不出来的，运行也是正常的。VS 2005的WEB项目默认的把命名空间给去掉了，可以手动增加一个命名空间，cs代码中加入namespace的语句块，另外别忘了在aspx文件的<@page>的Inherits中写入对应的[namespace].[类名]；经过这样的操作再次编译成一个程序集就没有问题了（备注：这个项目前后一共发现了5对类名称一致的情况，加上命名空间或是改名称就可以解决了）。
上面就是结合我的项目实际解决的问题，暂时还没有发现别的错误出来。使用有问题的朋友也多多交流。
