gromacs2018使用踩坑记--insert-molecules

1]

gmx插入分子[ -f  [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -ci  [<.gro / .g96 / ...>] ] 
             [ -ip  [<.dat>] ] [ - n  [<.ndx>] ] [ -o  [<.gro / .g96 / ...>] ] 
             [ -replace  <选择> ] [ -sf  <文件> ] [ -selrpos  <枚举> ] 
             [ -box  < vector> ] [ -nmol  <int> ] [ -try  <int> ] [ -seed  <int> ] 
             [ -radius  <真实> ] [-scale  <real> ] [ -dr  <vector> ] 
             [ -rot  <enum> ]

描述

gmx insert-molecules插入输入文件中-nmol指定的系统的副本-ci。插入发生在给出的溶质构象的空白空间中-f，或者发生在给出的空盒中-box。同时指定-f 和的-box行为类似于-f，但是在插入之前在溶质周围放置一个新框。存在的任何速度都将被丢弃。

也可以插入溶剂化构型并用插入的原子代替溶剂原子。为此，用于 -replace指定标识可被替换原子的选择。该工具假定此选择中的所有分子均由单个残基组成：与该插入分子重叠的该选择中的每个残基都将被去除，而不是阻止插入。

默认情况下，插入位置是随机的（初始种子由指定-seed）。程序反复进行，直到-nmol 分子已插入框中。如果存在的原子与所插入分子的任何原子之间的距离小于两个原子的范德华半径之和，则不插入分子。vdwradii.dat程序读取范德华半径的数据库（），并且将所得到的半径缩放为-scale。如果在数据库中未找到半径，则将这些原子分配给（预先缩放的）距离-radius。

放弃之前，总共进行了-nmol*次-try插入尝试。-try如果您要填补几个小漏洞，请增加。Option -rot指定插入分子在插入尝试之前是否随机取向。

或者，分子只能插入在position.dat（-ip）中定义的位置。该文件应具有3列（x，y，z），该列给出与输入分子位置（-ci）相比较的位移。因此，如果该文件应包含绝对位置，则在使用之前（例如，来自gmx editconf），分子必须以（0,0,0）为中心 。该文件中以＃开头的注释将被忽略。选项 定义了插入试验期间的最大允许位移。 并以默认模式运行（请参见上文）。gmx insert-molecules -center-dr-try-rot

选项

指定输入文件的选项：

-f [<.gro / .g96 /…>]（protein.gro）（可选）

现有的配置插入到：GRO G96 PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR

-ci [<.gro / .g96 /…>]（insert.gro）

配置插入：GRO G96 PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR

-ip [<.dat>]（positions.dat）（可选）

预定义的插入试验位置

-n [<.ndx>]（index.ndx）（可选）

额外索引组

指定输出文件的选项：

-o [<.gro / .g96 /…>]（out.gro）

插入后的输出配置：gro g96 pdb brk ent esp

其他选项：

-replace <选择>

重叠时可以去除的原子

-sf <文件>

提供文件中的选择

-selrpos <枚举>（原子）

选择参考位置：atom，res_com，res_cog，mol_com，mol_cog，whole_res_com，whole_res_cog，whole_mol_com，whole_mol_cog，part_res_com，part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyndres_comg，dyn_res_cog，

-box <向量>（0 0 0）

包装盒尺寸（单位：nm）

-nmol <int>（0）

要插入的额外分子数

-try <int>（10）

尝试插入-nmol倍-try倍

-seed <int>（0）

随机生成器种子（0表示生成）

-radius <真实>（0.105）

默认范德华距离

-scale <真实>（0.57）

在share / gromacs / top / vdwradii.dat中从数据库乘以范德华半径的比例因子。默认值为0.57，则水中蛋白质的密度接近1000 g / l。

-dr <向量>（0 0 0）

允许从-ip文件位置以x / y / z位移

-rot <枚举>（xyz）

随机旋转插入的分子：xyz，z，无

2] genbox-->insert-molecules && solvate

OLD:

genbox -cp box.gro -ci met.gro -nmol 299 -o in.gro

genbox -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro

NEW:

gmx insert-molecules -ci melamine_GMX.gro -nmol 5 -box 5.5 5.5 5.5 -o box.gro 　　;insert **.gro into a  Blank box

gmx_mpi insert-molecules -f box.gro -ci met.gro -nmol 299 -o in.gro  　　;insert **.gro into an existing box

gmx solvate -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro