gromacs2018使用踩坑记--grompp 为啥要用-r

1.

GMX grompp 

概要

gmx grompp [ -f  [<.mdp>] ] [ -c  [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -r  [<.gro / .g96 / ...>] ]
           [ -rb  [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -n  [<.ndx>] ] [ -p  [<.top>] ]
           [ -t  [<.trr / .cpt / ...>] ] [ -e  [<.edr>] ]
           [ -ref  [<.trr / .cpt / ...>] ] [ -po  [<.mdp>] ] [ -pp  [<.top>] ]
           [ -o  [< .tpr  >] ] [ -imd [<.gro>] ] [ -[no] v ] [ -time  <real> ]
           [ -[no] rmvsbds ] [ -maxwarn  <int> ] [ -[no]零 ] [ -[no] renum ]

描述

gmx grompp(gromacs预处理程序)读取分子拓扑文件,检查文件的有效性,将拓扑结构从分子描述扩展为原子描述。拓扑文件包含有关分子类型和分子数量的信息,预处理器会根据需要复制每个分子。对分子类型的数量没有限制。键和键角可以分别转换为氢和重原子的约束。然后,读取坐标文件,并且可以根据需要从麦克斯韦分布中生成速度。 还读取gmx mdrun的参数gmx grompp (例如,MD步数,时间步长,截止值)以及诸如NEMD参数之类的其他参数进行了校正,以使净加速度为零。最终生成一个二进制文件,该文件可用作MD程序的唯一输入文件。

gmx grompp使用拓扑文件中的原子名称。-c仅当坐标文件(选项)中的原子名称与拓扑中的原子名称不匹配时,才会读取它们以生成警告。请注意,原子名称与仿真无关,因为仅原子类型用于生成交互参数。

gmx grompp 使用内置的预处理程序来解析包含,宏等。预处理程序支持以下关键字:

#ifdef VARIABLE 
#ifndef VARIABLE 
#else 
#endif 
#define VARIABLE 
#undef VARIABLE 
#include“ filename” 
#include <文件名>

通过在.mdp文件中使用以下两个标志,可以调制拓扑中这些语句的功能

定义 =  - DVARIABLE1  - DVARIABLE2 
包括 =  - / / 约翰/ DOE

有关更多信息,C编程教科书可能会对您有所帮助。指定该-pp标志将写出预处理的拓扑文件,以便您可以验证其内容。

使用位置约束时,必须提供具有约束坐标的文件-r(可以与提供的文件相同-c对于自由能计算,可以为B拓扑提供单独的参考坐标-rb,否则它们将与A拓扑的参考坐标相等。

起始坐标可以使用来从轨迹中读取-t除非使用该-time选项,否则将读取具有坐标和速度的最后一帧仅当缺少此信息时,才会-c使用文件中的坐标请注意, 在.mdp文件中将不会使用这些速度可以提供能量文件 以读取Nose-Hoover和/或Parrinello-Rahman耦合变量。gen_vel yes-e

gmx grompp可以通过仅提供带有的检查点文件来重新启动仿真(保留连续性)-t但是,对于仅更改运行步骤数以扩展运行的情况,使用gmx convert-tpr比方便得多然后,您可以直接提供旧检查点文件来GMX mdrun 用如果您想更改整体或输出频率之类的东西,建议将检查点文件 一起提供同时提供新的.mdp文件实际上,如果可能的话,仍然需要保留集成体,但仍需要将检查点文件传递给gmx mdrungmx grompp-cpigmx grompp-t-f -cpi

默认情况下,将删除由于虚拟站点构建而具有恒定能量的所有绑定交互。如果该恒定能量不为零,则将导致总能量的偏移。所有绑定的交互都可以通过关闭来保持-rmvsbds此外,由于虚拟站点的构造,所有对于距离的约束都将保持不变。如果仍然存在涉及虚拟站点的约束,则将导致致命错误。

要验证您的运行输入文件,请注意屏幕上的所有警告,并在必要时进行更正。还要查看mdout.mdp文件的内容它包含注释行以及已读的输入如有疑问,您可以从 该选项开始,该选项将在一个名为(带有实际调试信息)的文件中提供更多信息您可以使用gmx转储 程序查看运行输入文件的内容gmx check可用于比较两个运行输入文件的内容。gmx gromppgmx grompp-debuggrompp.log

-maxwarn选项可用于替代由该输出停止打印的警告在某些情况下,警告是无害的,但通常不是。建议用户在尝试使用此选项绕过输出消息之前,先仔细解释它们。gmx grompp

选项

指定输入文件的选项:

-f [<.mdp>](grompp.mdp)
带MD参数的grompp输入文件
-c [<.gro / .g96 /…>](conf.gro)
结构文件:GRO G96 PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR
-r [<.gro / .g96 /…>](restraint.gro)(可选)
结构文件:GRO G96 PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR
-rb [<.gro / .g96 /…>](restraint.gro)(可选)
结构文件:GRO G96 PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR
-n [<.ndx>](index.ndx)(可选)
索引文件
-p [<.top>](topol.top)
拓扑文件
-t [<.trr / .cpt /…>](traj.trr)(可选)
全精度轨迹:trr cpt tng
-e [<.edr>](ener.edr)(可选)
能量文件

用于指定输入/输出文件的选项:

-ref [<.trr / .cpt /…>](rotref.trr)(可选)
全精度轨迹:trr cpt tng

指定输出文件的选项:

-po [<.mdp>](mdout.mdp)
带MD参数的grompp输入文件
-pp [<.top>](processed.top)(可选)
拓扑文件
-o [<.tpr>](topol.tpr)
可移植的xdr运行输入文件
-imd [<.gro>](imdgroup.gro)(可选)
Gromos-87格式的坐标文件

其他选项:

-[no]v (没有)
大声吵闹
-time <真实>(-1)
在此时间或之后先取框。
-[no]rmvsbds (是)
删除与虚拟站点的恒定绑定交互
-maxwarn <int>(0)
输入处理期间允许的警告数。不能正常使用,可能会产生不稳定的系统
-[no]zero (没有)
将绑定交互的参数设置为无默认值而不是零,而不产生错误
-[no]renum (是)
重新编号原子类型并最小化原子类型数目
posted @ 2019-10-13 13:33  刘建东  阅读(3832)  评论(0编辑  收藏  举报