POJ 1080 Human Gene Functions (类似于编辑距离)

题意：计算两个DNA碱基序列的相似度，可以插入空格来匹配任一个碱基，题目中给了任意匹配的代价。

思路：score[i][j]为下列 三者的最大值：seq1[i]与seq2[j]匹配 + score[i-1][j-1]；空格与seq1[i]匹配 + score[i-1][j]；空格与seq2[j]匹配 + score[i][j-1]。

初值，score，第一列表示一直用空格匹配第一个序列，第一行表示一直用空格匹配第二个序列。

代码中的map可以用一个函数代替，我没用过，所以用它试试的。

 

#include<cstdio>
#include<map>
using namespace std;

int cost[5][5] = {
        {5, -1, -2, -1, -3},
        {-1, 5, -3, -2, -4},
        {-2, -3, 5, -2, -2},
        {-1, -2, -2, 5, -1},
        {-3, -4, -2, -1, 0}};

map<char, int> m;
int score[104][104];//DP空间
char seq1[104], seq2[104]; //从1开始
int len1, len2;

void match(){
    score[0][0] = 0;
    for(int i=1; i<=len1; ++i)
        score[i][0] = score[i-1][0] + cost[m[seq1[i]]][4];
    for(int j=1; j<=len2; ++j)
        score[0][j] = score[0][j-1] + cost[m[seq2[j]]][4];
    for(int i=1; i<=len1; ++i)
        for(int j=1; j<=len2; ++j){
            int max, tmp;
            max = score[i-1][j-1] + cost[m[seq1[i]]][m[seq2[j]]];
            tmp = score[i-1][j] + cost[m[seq1[i]]][4];
            if(tmp > max)
                max = tmp;
            tmp = score[i][j-1] + cost[m[seq2[j]]][4];
            if(tmp > max)
                max = tmp;
            score[i][j] = max;
        }
}

int main(){
//    freopen("in", "r", stdin);

    m['A'] = 0;
    m['C'] = 1;
    m['G'] = 2;
    m['T'] = 3;
    m['-'] = 4;

    int cases;
    scanf("%d", &cases);
    while(cases--){
        scanf("%d %s", &len1, &seq1[1]);
        scanf("%d %s", &len2, &seq2[1]);
        match();
        printf("%d\n", score[len1][len2]);
    }
    return 0;
}