摘要： 一、AUC含义 AUC是二分类指标ROC曲线下方的面积，在0~1之间。而在预测结果概率列表中可以理解为负样本排在正样本前面的概率（对概率值列排序）。 二、概率列表 通常建模结果可以输出为包含两列的表，第一列为真实标签（1/0），第二列为预测标签1的概率，示例如下： 三、利用awk计算AUC （1）先 阅读全文

摘要： 在使用虚拟机时经常会碰到重启之后Xshell中连不上的情况，这个时候进入虚拟机的终端使用ifconfig查看时会发现，我们设置的静态IP地址消失，这个时候就需要重启网卡，如下： 第一步： 关闭NetworkManager，原因是RedHat自己开发的NetworkManager管理工具和/etc/s 阅读全文

摘要： 在做深度学习的时候，我们首先会用到python PIL模块中的convert函数将原始图片（例如png）转化为对应的像素值，再将像素值转化成tensor之后进行模型的训练。 1、安装PIL 1 pip install pillow 2 3 conda install pillow 2、使用方式 1 阅读全文

摘要： 1.数据归一化的目的 数据归一化的目的，就是将数据的所有特征都映射到同一尺度上，这样可以避免由于量纲的不同使数据的某些特征形成主导作用。 2.数据归一化的方式 （1）最值归一化 特点： 可以将所有数据都映射到0-1之间，它适用于数据分布有明显边界的情况，容易受到异常值的影响，异常值会造成数据的整体偏 阅读全文

摘要： 一、首先了解混淆矩阵中的四个值对应的意思： True Positive(真正，TP)：将正类预测为正类数 True Negative(真负，TN)：将负类预测为负类数 False Positive(假正，FP)：将负类预测为正类数误报 (Type I error) False Negative(假负 阅读全文

摘要： 生物信息分析中会用到很多的比对软件，比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等，比对文件的标准格式是sam格式，但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式，由于bowtie适用于短序列比对，并且看突变碱基比较方便，因此它的默认输出格式还是有一定优势的，下面就来说明一下它的默认输出格式 阅读全文

摘要： 在生信分析中，常常在服务器上安装了R之后，在运行R画图脚本的时候会出现这样的报错： 阅读全文

摘要： 环境说明： 该系统第一次安装mysql。 自己指定安装目录，指定数据文件目录。 linux系统版本： CentOS 7.3 64位 安装源文件版本：mysql-5.7版本 mysql安装位置：/software/mysql 数据库文件数据位置：/data/mysql 注：未防止混淆，这里都用绝对路径 阅读全文

摘要： 在生物信息分析中，经常会遇到这种情况，当数据量过大的时候会超出我们服务器的最大资源配置，导致有些软件或者我们自己写的脚本执行不过去，这时我们通常使用的办法就是将输入文件拆成很多份去依次执行，最终将结果文件合并。虽然使用python等语言可以实现拆分文件，但是既然已经有了轮子，我们就没必要去造了，这时 阅读全文

摘要： grep的使用：一、grep一般格式： grep [选项] 基本正则表达式 [文件] 这里的正则表达式可以为字符串。在grep命令中输入字符串参数时，最好将其用双引号括起来。调用变量时也可以使用双引号。在调用模式匹配时，应使用单引号。 二、grep常用选项： -c 只输出匹配行的计数。 -i 不区分 阅读全文