生物信息bowtie比对软件的结果格式说明

       生物信息分析中会用到很多的比对软件，比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等，比对文件的标准格式是sam格式，但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式，由于bowtie适用于短序列比对，并且看突变碱基比较方便，因此它的默认输出格式还是有一定优势的，下面就来说明一下它的默认输出格式。

example：

说明：

1. query id，也就是你自己用于比对的序列的ID。
2. + 表示正向比对上这条reads；- 表示对反向比对上这条reads。
3. 对应比对上的参考序列的ID，ref。
4. 自己用于比对的reads比对到参考序列的起始位置，注意下标是从0开始计数，例如10代表从第11个碱基开始比对上。第2列为"+"时，表示query第一个碱基map到reference上的位置；第2列为"-"时，表示query的反向互补序列第一个碱基map到reference上的位置。
5. 如果第2列为"+"，则和query序列一致；否则，和query序列反向互补。
6. 质量文件，如果query文件为fasta格式，则无法获取质量文件，用I代替，I的数量与query序列长度一致。
7. 当前query能map到GENOME的4个不同位置
8. 如果存在第8列，表示有错配，bowtie的mismatch最大可设置为3。第8列可以分为三个部分，最左端的数字，中间的碱基为reference碱基，最右端的碱基为query碱基，下面分情况讨论：
第2列为"+"时：最左端的数字9表示query从5'端数起，第10个碱基为"T"，而对应的reference为"G";
第2列为"-"时：最左端的数字9表示query先作反向互补，然后从3'端数起，第10个碱基为"T"，而对应的reference为"G";