使用RStudio写作Rmd文档

基本概念

• Markdown：是一种为了源文件易读性，易维护性，方便快速写作，合作修改的文本语法。原生支持生成html。不支持矢量图和表的绘制。
  • 注意 ：Markdown有许多变异版本，比如Github Flavored Markdown支持代码语法高亮。
• R Markdown：这是一个国人开发的文档格式，完美衔接了R，\( LaTex \)和Markdown，使得文章既有Markdown的简洁语法，又有R和LaTex强大的数学表达和图表能力。
• Pandoc：可以把这个看成是万能文档格式转换器，支持html, pdf, \( LaTex \)，MS Word，Markdown……等文档格式的互相转换。

使用前须知

Rmd文档翻译不是R的标准功能，必须要安装第三方包，请按照以下的步骤进行：

1. 打开RStudio
2. 确保已经连接互联网
3. 在Console（控制台）下输入命令
   • install.packages(“knitr”)
4. 新建一个 R Markdown 文档，享受写作吧！

Markdown学习帮助

Markdown的语法用两只手就能数完，一般你只需要看看别人写的Rmd/md文档，你就能很快上手。如果你需要Markdown语法的帮助，在RStudio下新建一个Rmd文档，你将看到一个写着“MD”的按钮，点击它你就能获得帮助了。

R Markdown生成流程

1. 编辑好Rmd文档，点击按钮“Knit HTML”
2. Knitr将Rmd中的LaTex和R翻译，生成标准的Markdown文档（后缀名md)
3. knitr自动通过标准md文档生成HTML文档。

注意 ：只要有了md文档，你可以使用Pandoc或其他工具转换成大部分的文档格式

一些问题

特别注意：

• 目前RStudio似乎还只支持英文名称的文件名，如果在点击“Knit HTML”按钮时出现"Knitr return command status 1"等类似的错误信息，请确保文件所在路径中不包含中文、空格等非法字符。
• 一般生成html时，会使用系统默认的编码格式，如果发现生成乱码，请在"File->Save with encoding"下改成合适的编码即可。比如：中文简体-> GB2312

用R语言绘制图表，用\( LaTex \)书写数学公式

这里有两个用R绘制图表的例子，需要注意的是，最终文本不仅会将最后生成的图表打印，还会同时打印生成图表的命令。这也是科学界的惯例了，这样审稿人或你的合作者就能很方便地校验你的计算步骤，并且修改错误了。

嵌入R代码

观察源码和最后生成的图表，你将发现嵌入R代码是一件非常简单的事情

绘制统计表：

summary(cars)

##      speed           dist    
##  Min.   : 4.0   Min.   :  2  
##  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26  
##  Median :15.0   Median : 36  
##  Mean   :15.4   Mean   : 43  
##  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56  
##  Max.   :25.0   Max.   :120

绘制图：

plot(cars)

嵌入LaTex代码

在前面，我已经使用了行内方式嵌入了\( LaTex \)的logo，这是使用

$latex equation$

的语法。

如果你想使用整行的latex公式，只需要使用

$$
  latex equation
$$

的语法。

比如这个公式：

$$
  \sum_{i=1}^{n}{i} = \frac{n*(n-1)}{2}
$$

将输出：

\[ \sum_{i=1}^{n}{i} = \frac{n*(n-1)}{2} \]

R Markdown的语法糖

除此以外，R Markdown还提供了一些很方便的非标准Markdown的功能，比如：绘制简单表格

绘制表格

绘制表格的语法非常地人性化和易读，就像这样：

姓名  | 学院 | 班级 | GPA      
------|------|------|------
刘洋  | 土木与交通 | 交通工程 | 3.1
刘二  | 计算机     | 软件工程 | 3.9
刘三  | 哲学院     | 认识论   | 3.0

将会生成：

姓名	学院	班级	GPA
刘洋	土木与交通	交通工程	3.1
刘二	计算机	软件工程	3.9
刘三	哲学院	认识论	3.0

注意 ：

• 每行不一定要对齐
• 对于是否绘制行间线，可以通过CSS改变主题实现
• 对于非常复杂的表格，还可以用嵌入LaTex代码绘制

更多入门介绍

这里有一个对markdown的一份简短介绍： 阳老师的博客