AnnData

AnnData是一个用于单细胞数据分析的Python类，由Scanpy团队开发。它主要用于存储和处理单细胞RNA-seq数据，并提供了丰富的功能和方法来进行数据预处理、分析和可视化。

AnnData对象中存储的是基因表达矩阵（Gene Expression Matrix）及其相关的注释信息，例如细胞类型、样本信息、基因注释等。AnnData对象主要包括以下几个部分：

 

 

.X: 存储基因表达矩阵，行代表基因，列代表细胞。
.obs: 存储细胞相关的注释信息，例如细胞类型、样本信息等。
.var: 存储基因相关的注释信息，例如基因名称、基因类型等。
.uns: 存储与数据分析相关的信息，例如数据预处理参数、可视化参数等。
.obsm: 存储细胞的附加信息，例如细胞的空间位置、转录组拆分信息等。
.varm: 存储基因的附加信息，例如基因的表达模式、变异信息等。
.layers: 存储各种类型的基因表达矩阵，例如原始表达矩阵、归一化表达矩阵等。

AnnData对象的优点在于它提供了一种方便的方式来管理和处理大规模的单细胞RNA-seq数据，并且具有很高的灵活性和可扩展性。它也被广泛应用于单细胞RNA-seq数据的预处理、降维、聚类、差异表达分析、轨迹分析等方面的研究和应用中。