随笔分类 -  高通量测序

摘要:常用的微生物菌群分析软件包微生物菌群分析是研究微生物群落组成和功能的重要领域。以下是一些常用的微生物菌群分析软件包: 1. QIIME(Quantitative Insights Into Microbial Ecology):QIIME是一个用于分析微生物群落的开源软件包。它提供了一系列工具和算法,用于处理和分析16S r 阅读全文
posted @ 2023-10-26 09:04 管道工人刘博 阅读(727) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:微生物菌群数据集的探索性数据分析(EDA)一般包括以下内容:1. 数据概览:查看数据集的基本信息,包括数据的维度、特征的数量和类型等。2. 缺失值处理:检查数据集中是否存在缺失值,并根据情况进行处理,例如删除缺失值或使用合适的填充方法。3. 数据清洗:对数据进行清洗,包括去除重复值、处理异常值和噪声 阅读全文
posted @ 2023-10-17 17:32 管道工人刘博 阅读(106) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:AnnData是一个用于单细胞数据分析的Python类,由Scanpy团队开发。它主要用于存储和处理单细胞RNA-seq数据,并提供了丰富的功能和方法来进行数据预处理、分析和可视化。 AnnData对象中存储的是基因表达矩阵(Gene Expression Matrix)及其相关的注释信息,例如细胞 阅读全文
posted @ 2023-04-03 19:59 管道工人刘博 阅读(865) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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