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摘要: 由于linux一切设备通过文件形式管理,因此linux服务器上插入硬盘并不像windows会图形化显示硬盘位置,在服务器上需要挂载硬盘到用户文件下才可以正常使用。在拔出磁盘之前也需要响应的卸载操作。 一、查询硬盘位置 sudo fdisk -l 其中Size为4.7T的是我插入的硬盘,所在路径为/d 阅读全文
posted @ 2022-08-26 22:12 pd_liu 阅读(1157) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 功能:在a中查询b。 通过vim创建vlookup.sh脚本 #!/bin/bash awk 'NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0"\t"a[$1]}' $1 $2 >vlookup_result 激活脚本 chmod u+x vlook 阅读全文
posted @ 2022-08-26 22:02 pd_liu 阅读(272) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 最近需要整理重测序文件上传至NCBI,需要批量计算文件md5值。于是有了这篇随笔记录。 将以下代码保存,修改path设置为需要修改的文件夹的绝对路径,即可使用 #coding=utf-8 #代码含有中文注释,第一行代码不可删除,否则某些系统会导致报错 #该py脚本用于批量处理单个文件夹下大文件的md 阅读全文
posted @ 2022-08-26 19:16 pd_liu 阅读(798) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of genetic variants (such as amino acid changes). 一、安 阅读全文
posted @ 2022-08-23 16:58 pd_liu 阅读(989) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: #快速向前/向后删除错误指令串 [ctrl]+u/[ctrl]+k #光标控制快速向最前/向最后 [ctrl]+a/[ctrl]+e #快速清屏,效果等于clear [ctrl]+l #输出当前shell程式类型 echo $SHELL #输出上一个指令是否成功执行,成功执行返回0 echo $? 阅读全文
posted @ 2022-08-21 23:49 pd_liu 阅读(73) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 使用vim创建脚本文件 vim shellname 将如下代码拷贝其中,修改对应用户名、IP、密码、端口号,并保存 #!/usr/bin/expect -f set user 服务器账号用户名 set host 服务器IP set password 用户密码 set timeout -1 spawn 阅读全文
posted @ 2022-08-21 19:19 pd_liu 阅读(312) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 更多VCF格式详细信息参见http://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.2.pdf ##为header line,注释信息 #为data line,表头信息: CHROM - chromosome POS - position ID - identifier R 阅读全文
posted @ 2022-08-21 16:28 pd_liu 阅读(57) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、使用RepeatMasker进行基因组重复序列注释 1、安装conda2、预选安装依赖库包,安装RepeatMasker,下载Repbase并解压至~/RepeatMasker/Libraries目录下面,配置./configure,完成。设置环境变量PATH,或者绝对路径使用RepeatMas 阅读全文
posted @ 2022-08-20 23:01 pd_liu 阅读(1435) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、conda安装 wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-la 阅读全文
posted @ 2022-08-20 21:49 pd_liu 阅读(1410) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 参考《Bioinfomatics Data Skill》第414页 一、首先安装pysam $ pip install pysam 二、编写程序统计比对数据 以下代码具有一定参考价值,不如samtools stats直接好用。若是需要单独统计特殊信息,以下代码逻辑/框架具有一定参考价值。 impor 阅读全文
posted @ 2022-08-20 17:36 pd_liu 阅读(356) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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