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摘要: GMcloser, a tool that accurately closes genomic gaps with a preassembled contig set or a long read set (i.e., error-corrected PacBio reads). PS:本文采用co 阅读全文
posted @ 2022-08-31 16:43 pd_liu 阅读(299) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 有些程序运行时间太长,或者上传下载数据太慢,可以将其从前台运行转入后台。 一、前台转后台 暂停当前任务 [ctrl] + z 查看job号 jobs 可以看到[1]、[2]两个任务已暂停 将2号任务挂到后台运行 bg %2 二、后台转前台 将[1]号任务转入前台 fg %1 使用组合键终止运行 [c 阅读全文
posted @ 2022-08-31 10:16 pd_liu 阅读(371) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: fasta与fastq之间格式转换 一、awk命令 #1 awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' XXX.fastq > XXX.fasta #2 awk 'NR%4==1||NR%4==2' self 阅读全文
posted @ 2022-08-31 09:19 pd_liu 阅读(1986) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 使用一套ls、grep、wc组合拳,结合管道符,查询文件、文件夹数目。 一、ls使用-l参数,以便于统计 统计当前目录下文件个数 ls -l | grep "^-" | wc -l 统计当前目录下文件夹个数 ls -l | grep "^d" | wc -l 二、增加使用-R参数时,会递归列出文件树 阅读全文
posted @ 2022-08-31 08:45 pd_liu 阅读(890) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: PBJelly是一款用于基因组Gap filling的软件,通过将三代reads比对到sccofolds进行连接补洞。Github地址:PBJelly。 一、安装#创建Python环境,python=2.7 conda create -n python2.7 python=2.7 #配置依赖包 co 阅读全文
posted @ 2022-08-30 20:51 pd_liu 阅读(430) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: NECAT,一款适合ONT Reads的组装工具,能够实现gap-free或者near gap-free的组装水平。配置好config文件后,NECAT的使用相当方便。Gihub地址:NECAT 一、安装 此处使用的2019年的版本 wget https://github.com/xiaochuan 阅读全文
posted @ 2022-08-30 14:14 pd_liu 阅读(346) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 使用nohup后台挂起执行命令,即使终端退出也不会导致运行程序中断。适用于服务器上跑程序。默认情况下会输出nohup.out文件。 一、用法说明如下 nohup [Command] [ Arg … ] & 其中command为要执行的命令;Arg为一些参数设置,可通过重定向设置输出位置;&使命令在后 阅读全文
posted @ 2022-08-27 17:36 pd_liu 阅读(1076) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在ncbi上传数据时,需要填写biosample_name,通过shell命令快速输出样本名称。 一、通过如下命令提取指定后缀的去后缀文件名 for i in *_1.fq.gz;do basename $i '_1.fq.gz';done #遍历当前目录下的所有带_1.fq.gz后缀的文件,输出不 阅读全文
posted @ 2022-08-27 15:28 pd_liu 阅读(1349) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 由于上传ncbi填写文件名时,二代测序的paired reads文件需要分开file1、file2填写,而单个样本由*_1.fq.gz以及*_2.fq.gz组成因此需要分开输出对应文件名以便复制拷贝到表格中填写。 下图所示如样本AQ2由AQ2_1.fq.gz以及AQ2_2.fq.gz组成 使用fin 阅读全文
posted @ 2022-08-27 15:09 pd_liu 阅读(195) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 利用AWK命令进行各种类型输出,在处理生信数据时,使用AWK命令会非常方便,省去很多编写脚本处理数据的时间。 一、使用man命令查看awk使用说明 二、练习使用AWK命令输出对应行列文件 输出文件第一列 awk '{print $1}' /Users/liuxin/Desktop/md5.txt 输 阅读全文
posted @ 2022-08-27 14:24 pd_liu 阅读(3030) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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