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摘要： Nanopore测序下机原始数据为fast5格式（纳米孔原始的电信号文件），测序公司那边只进行了初步的质控，也就是生成了pass_fast5文件夹，其下包含上百条.fast5格式的数据。对于后续的数据分析非常的不方便。现需要将所有.fast5文件合并，并从合并后的fast5文件提取fasta序列。 阅读全文

摘要： fastp是一款快速处理NGS下机序列的工具，官网地址fastp 一、安装 conda install -c bioconda fastp 二、使用 #过滤接头以及低质量碱基相关参数默认开启 #输入双端序列文件支持SE/PE，可以是.fq/.fq.gz格式,fastp最多可用16个线程 #输出会同时 阅读全文

摘要： manual vcftools documentation vcftools is a suite of functions for use on genetic variation data in the form of VCF and BCF files. The tools provided 阅读全文

摘要： GATK pipeline 学习。本文结合gatk流程应用于检查GapFilling区域的正确性。 下载及安装细节参见GATK官网流程理解请参考https://www.jianshu.com/p/859c0345624c 一、WGS分析流程主要包括三个部分：原始数据质控、数据预处理以及变异检测。 二 阅读全文

摘要： 目的：实验室台式机重装系统WIN10。 1、U盘一个，容量大于8g 2、打开mac磁盘工具，格式化U盘成windows文件格式，选择ExFAT格式，重命名为WIN10 3、MSDN网站下载所需系统，下载完成后双击iso镜像完成本地挂载 4、打开mac终端输入如下命令获取U盘以及WIN10镜像的名称 阅读全文

摘要： BWA is a software package for mapping DNA sequences against a large reference genome,such as the human genome. BWA官网 Manual Page 源码克隆地址 BWA安装比较简单，以下简单 阅读全文

摘要： 本文主要使用BBMerge合并双端序列为单端序列文件，便于后续处理。 BBTools官网 BBMerge手册 BBMerge是BBTools中的一个工具。 bbduk – filters or trims reads for adapters and contaminants using k-mer 阅读全文

摘要： MAKER是一个整合多个基因注释软件的强大pipeline。如果对基因组注释流程不熟悉，建议先补充相应的内容再开始使用MAKER。本文主要摘录自MAKER官网 #先创建一个maker环境并激活 conda create -n maker3 conda activate maker3 PS: 部分依赖 阅读全文

摘要： Canu是组装PacBio以及Nanopore序列的组装软件。本文摘录自官网手册。 参考手册及官网地址 Quick-StartCanu-TutorialGiHub Description Canu specializes in assembling PacBio or Oxford Nanopore 阅读全文

摘要： 一、安装homebrew #官网地址如下，参照官网安装即可 Homebrew #将官网给出的命令拷贝至终端回车运行，输入密码，即可开始安装 /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HE 阅读全文