摘要：
网上的很多教程说的共线性分析，往往是指的基因的共线性分布情况，具体作图时依据基因的关联位置信息等，输入文件包括gff以及fasta等信息。 这里说的亚基因组共线性，是指两条序列或两个基因组间的一致性分布情况，只需要输入两条fasta或者两个基因组序列文件即可，主要目的是看序列间的相似性以及发现序列间 阅读全文
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一、前言 参考自官网流程：https://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/MAKER_Tutorial_for_WGS_Assembly_and_Annotation_Winter_School_2018#Example_MAKER_ 阅读全文
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awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 阅读全文
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OrthoFinder，主要应用于基因家族分析。 使用OrthoFinder关注的基本生物学问题如下： Performing a comparative analysis across a clade of species Identifying orthologs between a pair, 阅读全文
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EDTA，该软件包用于全基因组TE的从头注释。EDTA设计目的是为全基因组生成一个高质量、无冗余的TE库，并过滤掉原始候选TE中的错误发现。EDTA官网 EDTA整合了多种TE注释软件，具体框架结构以及包含的软件如下： 一、安装 #途径一（mamba很好用，但是我这里安装总出错） conda cre 阅读全文
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#Minimap2 is a general-purpose alignment program to map DNA or long mRNA sequences against a large reference database. #使用minimap2进行长reads比对，对于～10kb的n 阅读全文
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SRAtoolkit是ncbi的一个较方便的sra处理工具，用于SRA数据管理。其中fastq-dump可用于处理SRA数据类型，从SRA提取PE/SE序列；prefetch可实现批量从ncbi下载数据。除此之外，其实TBtools工具批量下载也非常方便，但需要额外的一步：将数据从电脑传至服务器。因 阅读全文
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Trimmomatic，用于二代序列去接头，同时可以自定义指定的接头序列，同时也能够过滤read末尾的低质量序列，多线程运行，速度较快。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4103590/ 一、安装 conda install -c bioco 阅读全文
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fastqc是高通量序列（fa/fq）质量控制（QC）分析工具。它可以快速地对测序数据进行质量评估，得到多个测序数据的质量参数，让我们对测序数据质量有个初步的认识，从而判断后续的质控如何进行。 使用fastqc做质控 使用fastqc批处理 FastQC官网 一、安装 conda install - 阅读全文
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Nanopore测序下机原始数据为fast5格式（纳米孔原始的电信号文件），测序公司那边只进行了初步的质控，也就是生成了pass_fast5文件夹，其下包含上百条.fast5格式的数据。对于后续的数据分析非常的不方便。现需要将所有.fast5文件合并，并从合并后的fast5文件提取fasta序列。 阅读全文