2022年10月7日
使用BUSCO评估组装效果
摘要： BUSCO，全名为Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs，依据单拷贝同源基因评估基因组组装注释的完整度。 一、安装 为避免环境冲突，建议单独配置busco的环境。 conda create -n busco busco conda activate 阅读全文
posted @ 2022-10-07 21:13 pd_liu 阅读(1004) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Hifi原始数据处理
摘要： 由于HiFi测序的CCS特性，公司交付的文件一般是bam文件，需要手动转换为fasta格式，以便后续组装。 PS：应该可以使用bamtools，进行相关的数据过滤，再转为fasta格式。 一、bam-->fasta sudo samtools view *.bam | awk '{print ">" 阅读全文
posted @ 2022-10-07 19:28 pd_liu 阅读(531) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2022年9月27日
Hifiasm安装及使用
摘要： 用得非常之多的一款组装软件。安装容易，使用简便，默认参数跑就完事。hifiasm 拼接快速，更好应对重复片段，产生组装集质量高。 基于Hi-C可以产生单倍型分辨率的组装集。 hifiasm组装后不需要polish，简化了组装流程，大大节省了时间。 一、安装 git clone https://git 阅读全文
posted @ 2022-09-27 23:18 pd_liu 阅读(1289) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Quickmerge安装及使用
摘要： Quickmerge可以用于合并两个不同软件组装产生的Assemblies，以获取更可靠的组装结果。quickmerge 一、安装 git clone https://github.com/mahulchak/quickmerge.git cd quickmerge bash make_merger 阅读全文
posted @ 2022-09-27 22:48 pd_liu 阅读(792) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Nanopore从下机到组装流程总结
摘要： 拼接部分采用默认参数。适用于ONT组装，对于PacBio数据有更优的软件处理，此处不讨论。 总的来说，拿到ONT的数据后，建议先尝试miniasm快速拼接看一下拼接情况，再决定使用什么策略进行精细的组装。这里列出了六种可用于ONT组装的软件的相关用法，另外还有FALCON可以尝试，看文献近两年好像使 阅读全文
posted @ 2022-09-27 21:49 pd_liu 阅读(1006) 评论(0) 推荐(0) 编辑
NextDenovo安装及使用
摘要： Graph-based从头拼接软件，和canu一样可以先correct然后再组装。但nextdenovo一般用于ont组装。结合nextpolish可以获取碱基准确度达985以上。 配置好组装序列文件路径以及配置文件，直接运行即可，使用简单。 Github官网 Tutorial 配置run.cfg说 阅读全文
posted @ 2022-09-27 18:27 pd_liu 阅读(1326) 评论(0) 推荐(1) 编辑
2022年9月26日
miniasm安装及使用
摘要： 官网：miniasm 类似于flye的轻量级组装软件，使用和flye一样极其简单。 基于OLC的超快速从头拼接软件，适用于noisy长reads。但不纠错，并没有构建一致性序列的步骤，也就是说组装前后的单碱基错误率没有变化。 据官网描述，105m的基因组大小，只使用40x的数据集组装，16个线程10 阅读全文
posted @ 2022-09-26 22:09 pd_liu 阅读(469) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Winnowmap安装及使用
摘要： 官网：Winnowmap 无意间在一篇Human T2T的文章的补洞过程中发现的一款比对软件，据说准确度优于minimap2，特别是着丝粒区域。 之前用minimap2 -cx asm5模式比对两个亚基因组，最后用dotPlotly可视化后发现染色体上普遍存在一些集中区域比对效果并不好，可能是着丝粒 阅读全文
posted @ 2022-09-26 21:40 pd_liu 阅读(1030) 评论(1) 推荐(0) 编辑
Flye安装及使用
摘要： 官网地址：flye Flye works directly with base-called raw reads and does not require any prior error correction or trimming. Flye automatically detects chime 阅读全文
posted @ 2022-09-26 21:06 pd_liu 阅读(936) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Ragtag补洞
摘要： 本文尝试使用ragtag补洞。该软件一般用于基因组校正错配、scaffolding、patch以及序列合并。官网地址：https://github.com/malonge/RagTag/wiki/patch 一、安装 conda install -c bioconda ragtag 二、使用 #ma 阅读全文
posted @ 2022-09-26 18:22 pd_liu 阅读(550) 评论(0) 推荐(0) 编辑