pd_liu - 博客园

2022年10月14日

摘要：多物种的local synteny区域共线性分析还是以peach、grape和cacao为例，我们以grape作为reference，进行grape-peach以及grape-cacao的local synteny作图展示 jcvi进阶作图（二）中已经进行过了grape-peach的local s 阅读全文

posted @ 2022-10-14 17:12 pd_liu 阅读(469) 评论(0) 推荐(0) 编辑

JCVI作图进阶系列（二）

摘要： local synteny plot, focus on gene-level show matching regions along with aligned gene models. 参考自官网教程pairwise-synteny-plot PS：第一步输入文件源自系列（一）的输出结果一、准备阅读全文

posted @ 2022-10-14 16:29 pd_liu 阅读(578) 评论(1) 推荐(0) 编辑

JCVI作图进阶系列（一）

摘要：尝试JCVI画多个物种间的共线性。本文尝试三物种共线性分析及作图。参考官网教程Github官网示例流程一、数据格式转换 ###获取数据 $ python -m jcvi.apps.fetch phytozome Vvinifera,Ppersica,Tcacao $ python -m jcvi 阅读全文

posted @ 2022-10-14 00:08 pd_liu 阅读(1396) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年10月13日

JCVI安装及使用

摘要：笔者在尝试JCVI安装及使用的过程中，遇到了各种各样的报错。总体来说，安装部分的报错比较好解决，官网都有解决方案。但是关于绘图相关的模块，存在各种bug，官网没有很好的解决方案。参考地址https://www.jianshu.com/p/214eb661fad3https://github.com 阅读全文

posted @ 2022-10-13 21:21 pd_liu 阅读(2496) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年10月11日

agp2assembly安装及使用

摘要： agp2assembly是juicebox_scripts之一。功能：将agp文件转换为assembly文件。官网：https://github.com/phasegenomics/juicebox_scripts 一、安装 cd ~/biosoft git clone https://gith 阅读全文

posted @ 2022-10-11 14:20 pd_liu 阅读(210) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Ragtag安装及使用

摘要：官网：https://github.com/malonge/RagTag 一、简介 RagTag is a collection of software tools for scaffolding and improving modern genome assemblies. Tasks inclu 阅读全文

posted @ 2022-10-11 14:13 pd_liu 阅读(1414) 评论(0) 推荐(0) 编辑

3D-DNA安装及使用

摘要：官网：https://github.com/aidenlab/3d-dna 一、安装 3ddna和juicer共用同一个依赖环境，denpendency安装参见Juicer安装及使用 cd ~/biosoft git clone https://github.com/theaidenlab/3d-d 阅读全文

posted @ 2022-10-11 14:00 pd_liu 阅读(839) 评论(0) 推荐(1) 编辑

bam2fastx安装及使用

摘要： bam2fastx，功能如其名，用于将Pacbio的bam文件转换为fastq/fasta格式。官网：https://github.com/PacificBiosciences/bam2fastx 一、安装 conda create -n bam2fastx conda activate bam2 阅读全文

posted @ 2022-10-11 13:49 pd_liu 阅读(1474) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Juicer安装及使用

摘要：参考自官网 https://github.com/aidenlab/juicer/wiki https://github.com/aidenlab/juicer 一、安装 #创建单独环境，安装依赖包。另外对java版本以及gawk版本有要求，一般服务器上都有（具体要求见官网）。 conda crea 阅读全文

posted @ 2022-10-11 13:43 pd_liu 阅读(3695) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年10月7日

使用QUAST评估组装效果

摘要： QUAST，全名为 Quality Assessment Tool for Genome Assemblies。主要用于初步评估基因组组装的连续性等情况。一、安装创建QUAST独立环境并安装quast conda create -n QUAST -c bioconda quast 二、使用 co 阅读全文

posted @ 2022-10-07 22:16 pd_liu 阅读(499) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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