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Let's plot the arabidopsis genome. 可用于集中展示着丝粒以及端粒区域重复单元丰度。 参考自官网Miscellaneous-plotting 一、数据准备 #make chromosome size vim athaliana.sizes ************** 阅读全文
posted @ 2022-10-15 15:19
pd_liu
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多物种的local synteny区域共线性分析 还是以peach、grape和cacao为例，我们以grape作为reference，进行grape-peach以及grape-cacao的local synteny作图展示 jcvi进阶作图（二）中已经进行过了grape-peach的local s 阅读全文
posted @ 2022-10-14 17:12
pd_liu
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local synteny plot, focus on gene-level show matching regions along with aligned gene models. 参考自官网教程pairwise-synteny-plot PS：第一步输入文件源自系列（一）的输出结果 一、准备 阅读全文
posted @ 2022-10-14 16:29
pd_liu
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尝试JCVI画多个物种间的共线性。本文尝试三物种共线性分析及作图。 参考官网教程Github官网示例流程 一、数据格式转换 ###获取数据 $ python -m jcvi.apps.fetch phytozome Vvinifera,Ppersica,Tcacao $ python -m jcvi 阅读全文
posted @ 2022-10-14 00:08
pd_liu
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笔者在尝试JCVI安装及使用的过程中，遇到了各种各样的报错。总体来说，安装部分的报错比较好解决，官网都有解决方案。但是关于绘图相关的模块，存在各种bug，官网没有很好的解决方案。 参考地址https://www.jianshu.com/p/214eb661fad3https://github.com 阅读全文
posted @ 2022-10-13 21:21
pd_liu
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agp2assembly是juicebox_scripts之一。 功能：将agp文件转换为assembly文件。 官网：https://github.com/phasegenomics/juicebox_scripts 一、安装 cd ~/biosoft git clone https://gith 阅读全文
posted @ 2022-10-11 14:20
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官网：https://github.com/malonge/RagTag 一、简介 RagTag is a collection of software tools for scaffolding and improving modern genome assemblies. Tasks inclu 阅读全文
posted @ 2022-10-11 14:13
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官网：https://github.com/aidenlab/3d-dna 一、安装 3ddna和juicer共用同一个依赖环境，denpendency安装参见Juicer安装及使用 cd ~/biosoft git clone https://github.com/theaidenlab/3d-d 阅读全文
posted @ 2022-10-11 14:00
pd_liu
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bam2fastx，功能如其名，用于将Pacbio的bam文件转换为fastq/fasta格式。 官网：https://github.com/PacificBiosciences/bam2fastx 一、安装 conda create -n bam2fastx conda activate bam2 阅读全文
posted @ 2022-10-11 13:49
pd_liu
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参考自官网 https://github.com/aidenlab/juicer/wiki https://github.com/aidenlab/juicer 一、安装 #创建单独环境，安装依赖包。另外对java版本以及gawk版本有要求，一般服务器上都有（具体要求见官网）。 conda crea 阅读全文
posted @ 2022-10-11 13:43
pd_liu
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