摘要：
使用nohup后台挂起执行命令，即使终端退出也不会导致运行程序中断。适用于服务器上跑程序。默认情况下会输出nohup.out文件。 一、用法说明如下 nohup [Command] [ Arg … ] & 其中command为要执行的命令；Arg为一些参数设置，可通过重定向设置输出位置；&使命令在后 阅读全文
摘要：
在ncbi上传数据时，需要填写biosample_name，通过shell命令快速输出样本名称。 一、通过如下命令提取指定后缀的去后缀文件名 for i in *_1.fq.gz;do basename $i '_1.fq.gz';done #遍历当前目录下的所有带_1.fq.gz后缀的文件，输出不 阅读全文
摘要：
由于上传ncbi填写文件名时，二代测序的paired reads文件需要分开file1、file2填写，而单个样本由*_1.fq.gz以及*_2.fq.gz组成因此需要分开输出对应文件名以便复制拷贝到表格中填写。 下图所示如样本AQ2由AQ2_1.fq.gz以及AQ2_2.fq.gz组成 使用fin 阅读全文
摘要：
利用AWK命令进行各种类型输出，在处理生信数据时，使用AWK命令会非常方便，省去很多编写脚本处理数据的时间。 一、使用man命令查看awk使用说明 二、练习使用AWK命令输出对应行列文件 输出文件第一列 awk '{print $1}' /Users/liuxin/Desktop/md5.txt 输 阅读全文