2022年8月20日
使用 RepeatMasker + RepeatModeler 完成重复序列注释
摘要： 一、使用RepeatMasker进行基因组重复序列注释 1、安装conda2、预选安装依赖库包，安装RepeatMasker，下载Repbase并解压至～/RepeatMasker/Libraries目录下面，配置./configure，完成。设置环境变量PATH，或者绝对路径使用RepeatMas 阅读全文
posted @ 2022-08-20 23:01 pd_liu 阅读(1436) 评论(0) 推荐(0) 编辑
conda安装、配置以及常见命令使用大全（linux）
摘要： 一、conda安装 wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-la 阅读全文
posted @ 2022-08-20 21:49 pd_liu 阅读(1412) 评论(0) 推荐(0) 编辑
基于Pysam进行SAM/BAM文件数据统计
摘要： 参考《Bioinfomatics Data Skill》第414页 一、首先安装pysam $ pip install pysam 二、编写程序统计比对数据 以下代码具有一定参考价值，不如samtools stats直接好用。若是需要单独统计特殊信息，以下代码逻辑/框架具有一定参考价值。 impor 阅读全文
posted @ 2022-08-20 17:36 pd_liu 阅读(357) 评论(0) 推荐(0) 编辑
SAMtools命令行使用大全
摘要： samtools详细的manual page见http://www.htslib.org/doc/ SAM文件格式参数详见http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf以及http://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM 一般使用s 阅读全文
posted @ 2022-08-20 17:14 pd_liu 阅读(1922) 评论(0) 推荐(0) 编辑