服务器部署docker+fuannotate完成基因组注释

docker部署：https://blog.csdn.net/baidu_36511315/article/details/108117826#222_Ubuntu_84

docker可用镜像链接：https://mixuying.com/archives//1719753069678

docker常用命令：https://github.com/LynnHg/awsome-fe/blob/main/mds/docker/Docker%E5%B8%B8%E7%94%A8%E5%91%BD%E4%BB%A4.md

funannotate安装：https://funannotate.readthedocs.io/en/latest/install.html

 

linux部署docker

$ sudo apt-get remove docker docker-engine docker.io containerd runc
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install \
    apt-transport-https \
    ca-certificates \
    curl \
    gnupg-agent \
    software-properties-common
# 1. 默认使用国外源，非常非常非常慢！
$ sudo curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add -
# 2. 推荐使用国内源，顺畅！
$ sudo curl -fsSL https://mirrors.ustc.edu.cn/docker-ce/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add -
# 1. 默认使用国外源，非常非常非常慢！
$ sudo add-apt-repository \
       "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu \
       $(lsb_release -cs) \
       stable"
# 2. 推荐使用国内源，顺畅！
$ sudo add-apt-repository \
      "deb [arch=amd64] https://mirrors.ustc.edu.cn/docker-ce/linux/ubuntu \
      $(lsb_release -cs) \
      stable"
      
# 更新apt包索引
$ sudo apt-get update

# 安装docker
$ sudo apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io

sudo systemctl enable docker
sudo systemctl start docker

替换代理

到这基本上docker就装好了，输入docker回车能看到帮助文档。但是docker的镜像源抓取会出现问题，导致抓取不下来，可以使用国内镜像。修改文件 /etc/docker/daemon.json（如果不存在则创建）

sudo mkdir -p /etc/docker
sudo tee /etc/docker/daemon.json <<-'EOF'
{
  "registry-mirrors": ["请替换为您自己的代理服务ip或者域名"] 
}
EOF
sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl restart docker

可选镜像源

https://dockerpull.com
https://docker.1panel.live
https://dockerproxy.cn
https://docker.hpcloud.cloud

查看是否换源成功

docker info

到这基本上就可以正常拉取需要的镜像了

通过docker拉取funannotate镜像

# download/pull the image from docker hub
$ docker pull nextgenusfs/funannotate

# download bash wrapper script (optional)
$ wget -O funannotate-docker https://raw.githubusercontent.com/nextgenusfs/funannotate/master/funannotate-docker

# might need to make this executable on your system
$ chmod +x /path/to/funannotate-docker

# assuming it is in your PATH, now you can run this script as if it were the funannotate executable script
$ funannotate-docker test -t predict --cpus 12

funannotate-docker使用

funannotate-docker这个脚本内部完成了docker的加载，正常使用命令如下

屏蔽重复

sudo ~/funannotate-docker mask -i /path/to/data/genome.fa --cpus 48 -o /path/to/output/genome.masked.fa

基于转录组数据预测基因

sudo ~/funannotate-docker train -i /path/to/data/genome.masked.fa \
--left /path/to/data/*.R1.clean.fq.gz \
--right /path/to/data/*.R2.clean.fq.gz \
--species "species name" \
--cpus 48 \
--max_intronlen 100000 \
-o genome-annotation

从头训练模型预测基因

sudo ~/funannotate-docker predict -i /path/to/data/genome.masked.fa \
-o BB-annotation \
-s "species name" \
--cpus 48 \
--name Mba \
--busco_db embryophyta \
--max_intronlen 100000 \
--genemark_mode ET \
--organism other \
--repeats2evm

更新基因预测结果

sudo ~/funannotate-docker update -i genome-annotation --cpus 48 --species "species name"

更新基因功能注释

sudo ~/funannotate-docker iprscan -i genoem-annotation -m local --cpus 48