gffread安装及使用

参考自

gffread github

https://github.com/andreaminio/AnnotationPipeline-EVM_based-DClab/blob/master/Pipeline/022_RNAseq_assembly.md

一、安装

cd ～/biosoft
git clone https://github.com/gpertea/gffread
cd gffread
make release

二、测试

~/biosoft/gffread/gffread -h

三、使用

使用gffread从gtf文件中提取对应的序列信息

gffread Tissues.A.stringtie.gtf -g ~/Cbp.LG.fasta -w A.transcripts.1.fa