JCVI作图进阶系列（三）
多物种的local synteny区域共线性分析
还是以peach、grape和cacao为例，我们以grape作为reference，进行grape-peach以及grape-cacao的local synteny作图展示
jcvi进阶作图（二）中已经进行过了grape-peach的local syntent分析，因此blocks构建不必再做，这里只需要补充grape-cacao的blocks构建即可。
#构建grape-cacao的blocks文件
python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape cacao --cscore=.99
python -m jcvi.compara.synteny mcscan grape.bed grape.cacao.lifted.anchors --iter=1 -o grape.cacao.i1.blocks
一、准备工作
#construct multi-synteny blocks（combine blocks）
python -m jcvi.formats.base join grape.peach.i1.blocks grape.cacao.i1.blocks --noheader | cut -f1,2,4,6 > grape.blocks
head -50 grape.blocks > blocks2#配置blocks2.layout
# x, y, rotation, ha, va, color, ratio, label
0.5, 0.6, 0, center, top, , 1, grape Chr1
0.3, 0.4, 0, center, bottom, , .5, peach scaffold_1
0.7, 0.4, 0, center, bottom, , .5, cacao scaffold_2
# edges
e, 0, 1
e, 0, 2#combie *.bed
cat grape.bed peach.bed cacao.bed > grape_peach_cacao.bed二、作图
#确认blocks2、grape_peach_cacao.bed以及blocks2.layout文件正确无误后，一键绘图
python -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_peach_cacao.bed blocks2.layout --notex三、结果
#grape作为reference，查询peach以及cacao的local synteny分析（gene-level）
四、补充
#调整参数作出不同风格的图
python -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_peach_cacao.bed blocks2.layout --shadestyle=line --glyphcolor=orthogroup --notex#结果展示
