JCVI安装及使用

笔者在尝试JCVI安装及使用的过程中，遇到了各种各样的报错。总体来说，安装部分的报错比较好解决，官网都有解决方案。但是关于绘图相关的模块，存在各种bug，官网没有很好的解决方案。

======================================

参考地址
https://www.jianshu.com/p/214eb661fad3
https://github.com/tanghaibao/jcvi
https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)

======================================

一、安装

###last依赖包必须先安装
conda create -n jcvi -c bioconda last jcvi
###测试安装是否成功
conda activate jcvi
python -m jcvi.formats.fasta extract
###遇到module缺失使用pip安装
pip install more_itertools cython deap ftpretty graphviz ortools pybedtools scikit-image webcolors
###再次运行测试
python -m jcvi.formats.fasta extract

###成功安装，显示如下

###还需要测试流程看每个模块是否正常工作。先跑个测试数据看一看。

 

二、使用

另外，需要先在phytozome官网（phytozome）注册账户，后续测试数据会用到这个数据库

conda activate jcvi

 

三、流程测试

1、获取测试数据，并转换格式

# 养成习惯，目录要清晰，出错也方便全部删除
mkdir ~/output/jcvi
cd ~/output/jcvi
# 载入用户名，密码完成登陆
python -m jcvi.apps.fetch phytozome
Phytozome Login: xxxxxxxx
Phytozome Password:
# 下载测试数据，下载前需先完成上面的登陆步骤
python -m jcvi.apps.fetch phytozome Vvinifera,Ppersica
# 从gff文件中提取目标bed文件
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Vvinifera_145_Genoscope.12X.gene.gff3.gz -o grape.bed
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Ppersica_298_v2.1.gene.gff3.gz -o peach.bed
# 将cds序列进行reformat
python -m jcvi.formats.fasta format Vvinifera_145_Genoscope.12X.cds.fa.gz grape.cds
python -m jcvi.formats.fasta format Ppersica_298_v2.1.cds.fa.gz peach.cds

2、共线性分析

该步骤会生成*.anchors文件，这个文件包含基因位置关联信息，作图时经常用到。

# --notex不使用latex，使用latex会报错，若遇到latex调用出错的问题，可使用该参数解决
python -m jcvi.compara.catalog ortholog --no_strip_names --notex peach grape

3、结果可视化

# 生成sample文件，jcvi.graphics.karyotype模块需要

python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple peach.grape.anchors peach.grape.anchors.new 

# 配置绘制文件seqids和layout

# 将下列内容添加到seqids（vim seqids）
Pp01,Pp02,Pp03,Pp04,Pp05,Pp06,Pp07,Pp08
chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6,chr7,chr8,chr9,chr10,chr11,chr12,chr13,chr14,chr15,chr16,chr17,chr18,chr19

# 配置画布 & 使用数据信息(实际应用时，该步骤的参数信息需要手动配置并多次调整才能得到最佳展示结果)

vim layout
# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .4,     .1,    .8,       0,      , Peach, top, peach.bed
 .6,     .1,    .8,       0,      , Grape, top, grape.bed
# edges
e, 0, 1, peach.grape.anchors.simple

# 绘图

python -m jcvi.graphics.karyotype --notex seqids layout

 

四、结果展示（peach.grape.pdf以及karyotype.pdf）

 

五、补充说明

#笔者遇到的主要问题是最后的pdf无法生成，主要是latex似乎无法正常工作，参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/90得以解决。

#若无法生成anchors文件，可能需要执行如下命令，处理相关font的报错。

sudo apt-get install texlive-latex-extra texlive-fonts-recommended dvipng cm-super

#另外如果latex尝试各种方案过后仍无法解决，建议使用--notex执行需要作图的步骤，比如下面的过程，添加--notex可以解决由latex引起的相关错误，最后得到作图输出。

python -m jcvi.compara.catalog ortholog --no_strip_names --notex peach grape 
python -m jcvi.graphics.karyotype --notex seqids layout