3D-DNA安装及使用

官网：https://github.com/aidenlab/3d-dna

一、安装

3ddna和juicer共用同一个依赖环境，denpendency安装参见Juicer安装及使用

cd ~/biosoft
git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git

二、使用

先前为juicer创建了python2.7的依赖环境，并且安装了3ddna的依赖包，直接激活环境使用。

conda activate python2.7
bash ~/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh -h
bash ~/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline-post-review.sh -h
#示例如下
###USAGE: bash ~/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh [options] <path_to_input_assembly_file> <path_to_input_mnd_file>
###USAGE: bash ~/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline-post-review.sh [options]-r <review.assembly> <path_to_input_fasta> <path_to_input_mnd>

三、补充说明

本文只说明安装以及一行命令用法。更多处理流程见官网或其他pipeline博文。