Juicer安装及使用

参考自官网

https://github.com/aidenlab/juicer/wiki

https://github.com/aidenlab/juicer

 

一、安装

#创建单独环境，安装依赖包。另外对java版本以及gawk版本有要求，一般服务器上都有（具体要求见官网）。

conda create -n python2.7 python=2.7
conda activate python2.7
conda install -c conda-forge scipy,matplotlib,numpy
conda install -c bioconda bwa
conda install lastz
conda install -c conda-forge parallel
conda install gnu-coreutils
conda install parallel

 #克隆最新版本安装（推荐下载juicer-1.6版本压缩包解压使用）

mkdir ~/biosoft && cd biosoft
git clone https://github.com/theaidenlab/juicer.git
cd juicer
ln -s CPU scripts
cd scripts/common
wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar
ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar  juicer_tools.jar

二、测试

##绝对路径运行查看帮助信息

bash ~/biosoft/juicer/scripts/juicer.sh -h

三、输入文件配置

##创建相应文件夹存放juicer脚本所需的输入数据。reference存放.fa文件，fastq存放hic的PE数据，hicPE数据的文件名有要求。具体见官网。

cd ~/output/juicer
mkdir reference fastq

四、运行

Usage: juicer.sh [-g genomeID] [-d topDir] [-q queue] [-l long queue] [-s site]
                 [-a about] [-R end] [-S stage] [-p chrom.sizes path]
                 [-y restriction site file] [-z reference genome file]
                 [-C chunk size] [-D Juicer scripts directory]
                 [-Q queue time limit] [-L long queue time limit] [-e] [-h] [-x]
                 
示例: ~/biosoft/juicer/scripts/juicer.sh \
[-t thread] \
[-s site] \
[-g genomeID] \
[-d topDir] \
[-D Juicer scripts directory] \
[-z reference genome file] \
[-p chrom.sizes path] \
[-y restriction site file]

五、结果

merged_nodups.txt是我们所需的结果文件。位于aligned文件夹下。

六、补充说明

具体细节部分见其他博客，本文只记录安装及一行命令用法。juicer处理流程详情见官网，另外也其他有博文介绍得比较清楚。