使用QUAST评估组装效果

QUAST，全名为 Quality Assessment Tool for Genome Assemblies。主要用于初步评估基因组组装的连续性等情况。

一、安装

创建QUAST独立环境并安装quast

conda create -n QUAST -c bioconda quast

二、使用

conda activate QUAST
quast ~/output/20220930_banana/banana.combined.assembly.fa -o hifiasm_quast -t 32

三、结果

图就不放了，没啥看的。

主要包括contig统计信息、cumulative_plot、GC_content_plot、Nx_plot等统计信息，主要以pdf格式展示，用于直观展示初步组装连续性以及完整性的大致情况。