由于HiFi测序的CCS特性,公司交付的文件一般是bam文件,需要手动转换为fasta格式,以便后续组装。
PS:应该可以使用bamtools,进行相关的数据过滤,再转为fasta格式。
一、bam-->fasta
sudo samtools view *.bam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > /home2/liuxin/banana.ccs.fasta