Hifi原始数据处理

由于HiFi测序的CCS特性,公司交付的文件一般是bam文件,需要手动转换为fasta格式,以便后续组装。

PS:应该可以使用bamtools,进行相关的数据过滤,再转为fasta格式。

一、bam-->fasta

sudo samtools view *.bam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > /home2/liuxin/banana.ccs.fasta

 

posted @ 2022-10-07 19:28  pd_liu  阅读(533)  评论(0编辑  收藏  举报