Hifiasm安装及使用

用得非常之多的一款组装软件。安装容易，使用简便，默认参数跑就完事。hifiasm

拼接快速，更好应对重复片段，产生组装集质量高。

基于Hi-C可以产生单倍型分辨率的组装集。

hifiasm组装后不需要polish，简化了组装流程，大大节省了时间。

一、安装

git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm
cd hifiasm && make

二、测试

wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz
./hifiasm -o test -t4 -f0 chr11-2M.fa.gz 2> test.log
awk '/^S/{print ">"$2;print $3}' test.bp.p_ctg.gfa > test.p_ctg.fa  # get primary contigs in FASTA

三、使用

#Assembling HiFi reads without additional data types

hifiasm -o NA12878.asm -t 32 NA12878.fq.gz

#Hi-C integration generate a pair of haplotype-resolved assemblies

hifiasm -o NA12878.asm -t32 --h1 read1.fq.gz --h2 read2.fq.gz HiFi-reads.fq.gz