NextDenovo安装及使用

Graph-based从头拼接软件，和canu一样可以先correct然后再组装。但nextdenovo一般用于ont组装。结合nextpolish可以获取碱基准确度达985以上。

配置好组装序列文件路径以及配置文件，直接运行即可，使用简单。

Github官网

Tutorial

配置run.cfg说明

一、安装

#建议在python2.7环境下，因为需要安装paralleltask，太高的python版本可能报错？

conda create -n python2.7 python=2.7
conda activate python2.7
pip install paralleltask
wget https://github.com/Nextomics/NextDenovo/releases/latest/download/NextDenovo.tgz
tar -vxzf NextDenovo.tgz && cd NextDenovo
echo "export PATH=$PATH:/home/liuxin/biosoft/NextDenovo" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

#使用

conda activate python2.7
cd ~/biosoft/NextDenovo/test_data
nextDenovo run.cfg

二、标准流程

1、准备input.fofn

ls reads1.fasta reads2.fastq reads3.fasta.gz reads4.fastq.gz ... > input.fofn

2、配置run.cfg

cp doc/run.cfg ./

3、运行

nextDenovo run.cfg

4、查看结果

Sequence: 01_rundir/03.ctg_graph/nd.asm.fasta
Statistics: 01_rundir/03.ctg_graph/nd.asm.fasta.stat

PS: 官网提供的另一个测试数据来源太大了，就不再测试了。

三、补充

配置文件说明,详情参考https://nextdenovo.readthedocs.io/en/latest/OPTION.html

主要分全局选项控制nextdenovo行为，以及控制correction、assembly的相关参数设置，参数一眼明朗，具体使用时再来解析。

[General]
job_type = local
job_prefix = nextDenovo
task = all
rewrite = yes
deltmp = yes
parallel_jobs = 20
input_type = raw
read_type = ont # clr, ont
input_fofn = input.fofn
workdir = 01_rundir    #输出目录

[correct_option]
read_cutoff = 1k
genome_size = 1g # estimated genome size
sort_options = -m 20g -t 15
minimap2_options_raw = -t 8
pa_correction = 3
correction_options = -p 15

[assemble_option]
minimap2_options_cns = -t 8
nextgraph_options = -a 1