Winnowmap安装及使用

官网：Winnowmap

无意间在一篇Human T2T的文章的补洞过程中发现的一款比对软件，据说准确度优于minimap2，特别是着丝粒区域。

之前用minimap2 -cx asm5模式比对两个亚基因组，最后用dotPlotly可视化后发现染色体上普遍存在一些集中区域比对效果并不好，可能是着丝粒区域，因为有着高度重复导致比对定位模糊。

因此，想着用这个软件再尝试一次，看结果是否会更优。

一、安装

git clone https://github.com/marbl/Winnowmap.git
cd Winnowmap
make -j8
echo "export PATH=$PATH:/path/to/my/Winnowmap/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

二、使用

#Mapping genome assemblies

meryl count k=19 output merylDB asm1.fa
meryl print greater-than distinct=0.9998 merylDB > repetitive_k19.txt

winnowmap -W repetitive_k19.txt -ax asm20 asm1.fa asm2.fa > output.sam

三、输出

输出结果中包含paf格式的输出文件，可直接作为dotPlotly输入作图。

或者直接使用该包中的perl脚本进行作图。

PS：具体操作略，最近服务器压力比较大，暂时不跑了。