Ragtag补洞

本文尝试使用ragtag补洞。该软件一般用于基因组校正错配、scaffolding、patch以及序列合并。
官网地址：https://github.com/malonge/RagTag/wiki/patch

一、安装

conda install -c bioconda ragtag

二、使用

#make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

三、案例

ragtag.py patch ~/Cbp.LG.fasta ~/cbp.ccs.fasta --nucmer-params '--maxmatch -l 100 -c 500' --fill-only

四、输出说明

#ragtag.patch.fasta        补洞后的序列文件

#ragtag.patch.agp         最终的agp文件，定义了最终补洞后的序列是如何产生的

#另外还包含比对文件，可用于IGV检查比对情况以判断补洞质量