linux输出文件名（不带后缀）

在ncbi上传数据时，需要填写biosample_name，通过shell命令快速输出样本名称。

 

一、通过如下命令提取指定后缀的去后缀文件名

for i in *_1.fq.gz;do basename $i '_1.fq.gz';done
#遍历当前目录下的所有带_1.fq.gz后缀的文件，输出不带_1.fq.gz后缀的文件名

二、示例如下

需要提取不带后缀名的文件如下

运行结果如下

ncbi上传二代PE reads时，还可通过find命令查询输出指定后缀的文件名，来快速填写biosample的filename1以及filename2。具体参见使用find命令查询输出目录下特定文件名。

用这种方法输出的文件名称默认排序好了的，因此对应的biosample_name以及filename将是一一对应的。