conda安装、配置以及常见命令使用大全（linux）

一、conda安装

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 

二、conda配置

设置常用镜像源

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

更多镜像配置：https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/

查看已添加channels

conda config --get channels

根目录下查看channels

less ~/.condarc

 以上参考自：https://www.jianshu.com/p/f892f0179e7a

 

三、conda常用命令使用

使用conda --help查看帮助

$ conda activate　　#conda激活默认base环境

$ conda deactivate　　　#退出conda环境

$ conda create -name biosoft　　　　#conda创建独立环境，可指定python版本如python=3.4

$ conda activate biosoft　　#conda激活biosoft环境

$ conda info --envs　　#conda列出已有环境信息

$ conda env remove -n biosoft　　#删除不用的独立环境

$ conda env list　　#conda列出已有环境

$ conda config --set auto_activate_base false　　#conda关闭自动激活base环境，也可使用true重新打开

$ conda search augustus　　　#conda搜索安装包

$ conda install samtools,vcftools 　　#使用conda一次安装多个软件包

$ conda install --file=pkgs.txt　　　#将需要安装的包名依次分行写入pkgs.txt然后一次安装

$ conda list　　#　　列出已安装的包

$ conda update samtools 　#conda更新samtools包

$ conda remove samtools　　#　　conda删除samtools包

$ conda update conda　　#conda更新

 

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