摘要:
MOPAC是最著名的半经验分子轨道程序包,用于研究分子结构和化学反应。 在装MOPAC2016之前需要准备好两个文件MOPAC2016和证书。下载和申请地址为:http://openmopac.net/. 第一步,将mopac解压到指定目录下,比如/path/to/mopac,目录下有如下文件: 里 阅读全文
摘要:
对分子进行聚类分析,首先必须要考虑的是其描述符的问题,分子描述符通常是非常高维的,必须对其进行降维才好继续后面的分析,特别分子量特别大的时候。常用的降维手段有PCA,TSNE和UMAP.一说,TSNE用于可视化. 聚类的方法有许多,比如k-means,层次聚类. 但是这两个一个需要定义k,一个需要定 阅读全文