摘要: 使用perl自带函数rename可以重命名文件名称,具体用法,rename $old_name, $new_name。 例如,要把文件名中“7--1_F03_2018-12-28.fsa”中的前缀“7--”去除。 再如调换A01_1.fsa名字中的下划线前后的顺序,简化版为: 关于perl的文件系统 阅读全文
posted @ 2019-03-28 19:15 LeleLiu 阅读(1610) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 分别利用颜色(colour)和形状(shape i.e. pch)进行分组很多属性需要单独设置。 用到的对象有 数据映射(Aes,Data aesthetic mappings) 几何属性(Geom,Geometric objects) 统计转换(Stat,Statistical transform 阅读全文
posted @ 2019-02-03 12:13 LeleLiu 阅读(6185) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 很多仪器导出的数据格式可能不是包含着奇奇怪怪的编码,这给写正则脚本带来了很大困难 binmode IN, ':encoding(UTF-8)' 这个命令进行处理编码,保证输入和输出的正确。 此外,因为需要遍历两层目录下的所有文件,发现了glob这个强大的命令。 阅读全文
posted @ 2019-01-21 15:12 LeleLiu 阅读(460) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: PAM 2500导出的数据是以分号为分隔符的纯文本,且一次测量单独保存在文件里,默认以日期加括号里的序号为文件名,我们只需要其中的Fo、Fm和最后一次的数据。 原始数据如下: 我们需要以提取第3行和第15行的数据整合成一个新的文件,我们把所有需要整合的文件放在同一文件夹下,运行脚本如下: 手动加入表 阅读全文
posted @ 2018-12-30 19:48 LeleLiu 阅读(796) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 百度云盘文件命名格式举例 “PEJC_8_liulele_Taiwania_20190104.ppt” 文献百度网盘:链接: https://pan.baidu.com/s/1eVoecu7ab6SaTxu2to5upw 提取码: 7br5 幻灯片百度网盘:链接: https://pan.baidu 阅读全文
posted @ 2018-12-28 23:10 LeleLiu 阅读(644) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 第一期PEJC,2018年11月17日上午9:00,N2-146 SDU, Plant Ecology Journal Club November 16, 2018 (Session 1st) 内容: 1、为什么要做Journal Club (Liu Lele); PPT下载 2、河流对植物种群遗传 阅读全文
posted @ 2018-11-16 23:15 LeleLiu 阅读(538) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1、合并并转化一代测序seq纯文本为fasta格式文件 2、合并文件夹下的纯文本文件 3、批量序列拼接 阅读全文
posted @ 2018-11-13 11:01 LeleLiu 阅读(1772) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 使用perl 输入文件格式 阅读全文
posted @ 2018-09-11 12:46 LeleLiu 阅读(212) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 可塑性指数RDPI的计算公式如下: 需要补充一点,i不能等于i‘。 假设a为集合A的元素,b为集合B的元素,则对于a和b在可塑性指数中的贡献为tmp=(Math.abs(parseFloat(a[i])-parseFloat(b[j])))/(parseFloat(a[i])+parseFloat( 阅读全文
posted @ 2018-09-09 19:08 LeleLiu 阅读(1121) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 间作是一种常见的作物种植和农田管理方式。间作,是利用生态学生物多样性原理来调整种间关系以达到农作物增产提质的目的。合理选用植物组合,可以实现提升土壤肥力、减少病虫害发生等功能。农田重金属污染威胁着食品安全和人体健康,农田重金属问题在中国尤为严重。采用重金属超富集植物和农作物的间作来减少农田作物对重金 阅读全文
posted @ 2018-06-29 22:15 LeleLiu 阅读(1073) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 习题: 对某地区的某消费品的销售量Y进行调查,它与下面四个变量有关:x1居民可支配收入,x2该类消费品平均价格指数,x3社会该消费品保有量,x4其他消费品平均价格指数,历史资料如下表所示。试用主成分回归方法建立销售量Y与其他四个变量x1,x2, x3 和 x4的回归方程。 数据资料data.txt: 阅读全文
posted @ 2018-05-24 15:49 LeleLiu 阅读(4389) 评论(3) 推荐(1) 编辑
摘要: 习题: 9.1用主成分方法探讨城市工业主体结构。下表是某事工业部门十三个行业,分别是冶金(1)、电力(2)、煤炭(3)、化学(4)、机械(5)、建材(6)、森工(7)、食品(8)、纺织(9)、缝纫(10),皮革(11)、造纸(12)和文教艺术用品(13),八个指标分别是年末固定资产净值X1(万元)、 阅读全文
posted @ 2018-05-22 21:13 LeleLiu 阅读(3586) 评论(2) 推荐(0) 编辑
摘要: 题目: 对48名应聘者数据的自变量作聚类分析,选择变量的相关系数作为变量间的相似系数(cij),距离定义为dij=1-cij。分别用最长距离法、均值法、重心法和Ward法作聚类分析,并画出相应的谱系图。如果将所有变量分为5类,试写出各种方法的分类结果。 数据(applicant.data): 脚本: 阅读全文
posted @ 2018-05-17 23:55 LeleLiu 阅读(1982) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 题目: 为了深入地了解我国人口的文化程度,利用1990年全国普查数据对全国30个省、直辖市、自治区进行聚类分析,分别选用了三个指标:(1)大学以上文化程度的人口占全部人口的比例(DXBZ);(2)初中文化程度的人口占全部人口的比例(CZBZ);(3)文盲半文盲人口占全部人口的比例(WMBZ)分别用来 阅读全文
posted @ 2018-05-17 23:29 LeleLiu 阅读(7326) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 8.2 某医院研究心电图指标对健康人(1),硬化病患者(2)和冠心病患者(3)的鉴别能力,先训练样本如下。试用距离判别(考虑方差相同与方差不同两种情况)、Bayes判别(考虑方差同和不同两种情况,且先验概率为11/23,7/23,5/23)对数据进行分析。 原始数据 data.txt如下, 3,4, 阅读全文
posted @ 2018-05-14 18:10 LeleLiu 阅读(1011) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 习题:根据经验,今天和昨天的湿度差X1及今天的压温差X2是预报天气下雨和不下雨的两个重要因素。现有数据如下,今测得x1=8.1,x2=2.0,试问预报明天下雨还是预报明天不下雨?分别用距离判别、Bayes判别(考虑方差相同和方差不同两种情况)和Fisher判别来得到你所需要的结论。 数据: 雨天 非 阅读全文
posted @ 2018-05-14 15:50 LeleLiu 阅读(5424) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 原始数据,第一列是样本id,之后是各位点的有无,M1-M6的等位基因分别是5,6,6,5,5,5 阅读全文
posted @ 2018-04-27 21:38 LeleLiu 阅读(472) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 微软的excel导出的图片往往达不到投稿期刊的要求,诸如复制到word、ppt或者另存为网页等方法得到的图片也不尽人意。 据说复制到Adobe illustrator (AI)软件里可以保存为各种分辨率的位图或者矢量图。 这里推荐一个excel插件XL Toolbox,链接如下:https://ww 阅读全文
posted @ 2018-01-27 09:12 LeleLiu 阅读(1619) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: use strict; open DATA , "check_result_50.txt"; open LOG , ">log.txt"; my @all; my @all_array; @all = ; foreach (@all){ push @all_array, [split(/ /, $_)] } #删除重复元素, 提取种群数和位点数 sub uniq{ m... 阅读全文
posted @ 2017-12-15 22:07 LeleLiu 阅读(244) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 增加限制酶种类和重复后的脚本 阅读全文
posted @ 2017-12-13 14:41 LeleLiu 阅读(655) 评论(0) 推荐(0) 编辑