网页手动下载GBIF物种分布数据

GBIF的全称是Global Biodiversity Information Facility，全球最大的生物多样性数据共享平台。由于网络原因，使用R语言调用API批量下载或处理数据记录时，可能会由于延迟而报错。因此有时候，也有必要在网页上“所见即所得”地手动下载数据，等待邮件的数据下载通知。例如，为保证授课质量，我们要求同学们在课前通过手动方式下载感兴趣的物种分布数据。

1、打开GBIF官网，https://www.gbif.org/

2、点击occurrence进入分布数据搜索界面

3、在左侧搜索框输入需要下载物种的学名，例如下载槐的分布数据，输入它的学名Styphnolobium japonicum，点击搜索。

4、可以在左侧选择记录的过滤条件，比如年份选择1950年之后，有经纬度,地区选择中国。如果刷新不出来，重复选择过滤条件。点击Download表浅下载。如果没有账号，需要先注册和登陆。

5、转跳后，选择第一个（SIMPLE）就行，耐心等待。

6、继续耐心等待，或者关闭页面，等待邮件通知。

 

7、打开下载的压缩包，是制表符分割的CSV文件，可以用纯文本文件打开，可以全选复制到Excel里。

 

参考资料：

[微信公众号-桥东棉花铺]手动检索并下载GBIF中物种数据 https://mp.weixin.qq.com/s/tsJF728LQxDI3t_ySw_PpA

[微信公众号- HelloBD]GBIF的发展和成长：从开放数据、开放科学到开放组织- 许哲平（HelloBD第37期）https://mp.weixin.qq.com/s/Wi9ZrvTjGIbYzxDm-HIDrA

 

上课前需要的其他准备工作：

1、携带笔记本电脑

2、安装好R及RStudio软件（https://posit.co/download/rstudio-desktop/），上过群体生态学课程的同学已经对这比较熟悉

3、MaxEnt软件及Java环境，下载地址：https://biodiversityinformatics.amnh.org/open_source/maxent/

4、Worldclim的Bioclimatic variables数据（分辨率为10min）下载，https://worldclim.org/data/worldclim21.html

 

注：软件和数据课上也会留上时间下载，为节约时间，GBIF物种分布数据尽可能课前下载。更多示例资料请下载：

链接: https://pan.baidu.com/s/1_bQARJxM3bCueccDbs9ofQ?pwd=3vch 提取码: 3vch 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦