小鲨鱼2018

2023年3月15日

摘要： 001、 factorial(2) ## 计算2的阶乘 factorial(3) ## 计算3的阶乘 factorial(4) 阅读全文

posted @ 2023-03-15 18:20 小鲨鱼2018 阅读(90) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要： R语言中exp函数用于返回e的x次方。 exp(2) ## 返回e的二次方 2.718281828459 * 2.718281828459 exp(3) ## 返回e的三次方 2.718281828459 * 2.718281828459 * 2.718281828459 阅读全文

posted @ 2023-03-15 18:16 小鲨鱼2018 阅读(645) 评论(0) 推荐(0) 编辑

费舍尔精确检验

摘要： Fisher's 精确检验用来检验一次随机实验的结果是否支持对于某个随机实验的假设。 a、随机事件发生的概率小于0.05则认定该事件为小概率事件。 b、一般原则认为在某个假设前提下，一次随机实验的结果不会出现小概率事件。 c、若一次随机实验的结果出现了小概率事件则认定该假设不被支持。在给定假设（阅读全文

posted @ 2023-03-15 16:55 小鲨鱼2018 阅读(894) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年3月14日

R语言中 grep、grepl命令匹配字符串

摘要： 001、 dat <- c("a", "k", "a", "b", "q") ## 测试字符串向量 grep("a", dat) ## grep匹配字符串，返回索引值 grepl("a", dat) ## grepl匹配字符串，返回向量中匹配的布尔值阅读全文

posted @ 2023-03-14 14:27 小鲨鱼2018 阅读(219) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 中如何同时提取数据的开头和结尾的指定行数

摘要：今天遇到一个小问题，要提取文件的行首和行尾指定的行数，不想生成中间文件，一时没有想出来怎么处理，后来想到一个组合命令实现。如下： 001、 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 阅读全文

posted @ 2023-03-14 12:45 小鲨鱼2018 阅读(99) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年3月13日

plink 软件中 --recode 12 选项

摘要：测试plink 软件中 --recode 12 做了什么。 001、首选看一下plink格式的测试数据 [root@PC1 test01]# ls outcome.map outcome.ped [root@PC1 test01]# cat outcome.map ## 一共5个位点 1 snp1 阅读全文

posted @ 2023-03-13 17:28 小鲨鱼2018 阅读(179) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年3月10日

linux 中awk语句统计pav矩阵中基因的存在频率

摘要： 001、测试数据如下： [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt 1 0 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 以上测试数据中，行为样本，也就是以此为阅读全文

posted @ 2023-03-10 18:48 小鲨鱼2018 阅读(29) 评论(0) 推荐(0) 编辑

word中明明都是单倍行距，而且字体、字号都一样，为什么看着间距不一样？

摘要：今天遇到一个比较2的问题。 001、word中字体、字号都一样，而且行间距都是单倍行距，但是看着行距明显不一样，如下图所示：就是1和2中的行距明显不一样，哪里出了问题？？？ 002、查了一下，有可能是文档网格的原因导致的，可以这样解决。其中的第4步骤中，打开默认是44，调整为42，然后点击阅读全文

posted @ 2023-03-10 15:17 小鲨鱼2018 阅读(1731) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年3月8日

samtools 统计重测序数据深度 depth、depth -a、depth -aa的联系与区别

摘要：测试数据链接：链接：https://pan.baidu.com/s/18_R3W1K7DYdUA9DxGZ0jxw 提取码：nklh --来自百度网盘超级会员V6的分享背景知识：将质控后的fastq文件比对到参考基因组之后，有可能会有部分染色体根本比对不上。比如参考基因组中一共有10条染色体阅读全文

posted @ 2023-03-08 16:20 小鲨鱼2018 阅读(2821) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年3月2日

linux 中判断一列数据中指定的字符是否有连续的重复

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt b.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据a.txt gene exon gene exon exon exon exon [root@PC1 test]# awk 'BEGIN{idx=0} {if 阅读全文

posted @ 2023-03-02 22:58 小鲨鱼2018 阅读(28) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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