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摘要: 001、 。 阅读全文
posted @ 2023-09-22 21:35 小鲨鱼2018 阅读(12) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 测序时,DNA片段被打断,但是打断的片段仍然很长。 二代测序的读长短,为了更多的获取同一个DNA片段上的信息,因此出现了从两端测序,尽可能多的捕获这个DNA片段的信息。 002、尽管两个read的长度之和为200bp,仍然无法将DNA片段测通,但是另外DNA片段起始点可能位于如下的DNA片 阅读全文
posted @ 2023-09-22 20:22 小鲨鱼2018 阅读(72) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 bwa mem -t 4 -k 32 -M -R "@RG\tID:name\tSM:name\tPL:illumina\tLB:name\tPU:name" reference.fna sm.clean.1.fastq.gz sm.clean.2.fastq.gz | samtools 阅读全文
posted @ 2023-09-22 19:44 小鲨鱼2018 阅读(329) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 先安装git,官网:https://git-scm.com/ 001、打开git,生成本地密钥文件 ssh-keygen ## 然后全部回车 002、查看密钥文件,id_rsa.pub C:\Users\ljx\.ssh 003、上传至服务器,并追加至authorized_keys文件(是追加) ( 阅读全文
posted @ 2023-09-22 10:28 小鲨鱼2018 阅读(821) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 [root@pc1 dir001]# ls test01 test02 ww.txt xx.map [root@pc1 dir001]# find -not -path "./test01/*" -name "*.txt" ./test02/mm.txt ./test02/dirxx/di 阅读全文
posted @ 2023-09-22 09:27 小鲨鱼2018 阅读(640) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 [root@pc1 dir001]# ls test01 test02 ww.txt xx.map [root@pc1 dir001]# tree . ├── test01 │ ├── cc.csv │ └── kk.txt ├── test02 │ ├── dirxx │ │ └── d 阅读全文
posted @ 2023-09-22 09:04 小鲨鱼2018 阅读(548) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、-maxdepth 1 [root@pc1 dir001]# ls test01 test02 ww.txt xx.map [root@pc1 dir001]# find ./ -name "*.txt" ## 直接查找 ./test01/kk.txt ./test02/mm.txt ./t 阅读全文
posted @ 2023-09-22 09:00 小鲨鱼2018 阅读(334) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、不限制 [root@pc1 dir001]# ls ## 测试目录文件 test01 test02 test03 [root@pc1 dir001]# tree . ├── test01 │ ├── cc.csv │ └── kk.txt ├── test02 │ ├── mm.txt │ 阅读全文
posted @ 2023-09-22 08:53 小鲨鱼2018 阅读(98) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、位置锚定(开头或者结尾): ^: 表示锚定开头 $:表示锚定结尾 \<:表示匹配单词的开端 \>:表示匹配单词的结尾 \<word\>:表示匹配完整的单词 002、匹配次数1 .: 当个.表示匹配任意字符1次 ?: 表示匹配前一个字符0次或者1次 +:表示匹配前一个字符一次或者多次 *:表示 阅读全文
posted @ 2023-09-21 22:20 小鲨鱼2018 阅读(67) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 按照默认方式排序,并输出bam samtools sort -o output.bam input.bam 002、 按照read name方式排序,并输出bam amtools sort -n -o output.bam input.bam 。 阅读全文
posted @ 2023-09-21 22:14 小鲨鱼2018 阅读(393) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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